PDB-8oo2: ChdA complex with amido-chelocardin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oo2

タイトル

ChdA complex with amido-chelocardin

要素

Putative transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / ChdA complex with amido-chelocardin / Tet-R family like regulator / atypical tetracycline

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis sulphurea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Revision of the Absolute Configurations of Chelocardin and Amidochelocardin.
著者: Sikandar, A. / Popoff, A. / Jumde, R.P. / Mandi, A. / Kaur, A. / Elgaher, W.A.M. / Rosenberger, L. / Huttel, S. / Jansen, R. / Hunter, M. / Kohnke, J. / Hirsch, A.K.H. / Kurtan, T. / Muller, R.

履歴

登録	2023年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oo2.cif.gz	216.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oo2.ent.gz	174.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oo2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oo2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative transcriptional regulator

B: Putative transcriptional regulator

ヘテロ分子

42.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.580, 82.780, 99.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative transcriptional regulator / TetR family transcriptional regulator 分子量: 21001.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis sulphurea (バクテリア) 遺伝子: chdA, ATK36_5244 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V9XTV0
#2: 化合物	ChemComp-AV8 / 2-carboxamido-2-deacetyl-chelocardin / (4S,4aR,12aR)-4-azanyl-6,9-dimethyl-3,10,11,12a-tetrakis(oxidanyl)-1,12-bis(oxidanylidene)-4a,5-dihydro-4H-tetracene-2-carboxamide / amido-chelocardin 分子量: 412.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀N₂O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 0.2 M sodium acetate and 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.779 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→42.78 Å / Num. obs: 32227 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_rim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.322 / Num. unique obs: 2213 / CC_1/2: 0.927

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.1_4122: ???)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→42.78 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 21.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2125	1608	5 %
R_work	0.1742	-	-
obs	0.1761	32171	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2694	0	62	187	2943

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2814
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.927	3827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.614	418
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	431
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.017	489

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.91	0.2966	126	0.2462	2599	X-RAY DIFFRACTION	95
1.91-1.98	0.2594	138	0.2166	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2.06	0.2558	152	0.1907	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.15	0.2122	149	0.1693	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.26	0.2303	135	0.163	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.41	0.1834	152	0.1619	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.59	0.1925	153	0.1686	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.85	0.2098	145	0.1706	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.27	0.2023	142	0.1768	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-4.11	0.1941	153	0.1557	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-42.78	0.2209	163	0.1798	2982	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4038	6.2015	5.5602	9.2843	6.9565	8.2076	-0.0607	0.0214	0.5673	0.3058	0.0202	0.4997	-0.1568	0.1103	-0.0257	0.1585	-0.0132	0.0322	0.2341	0.0146	0.1821	-14.0956	7.0943	12.0221
2	3.8639	-2.4938	-0.7758	4.7151	4.3329	8.9247	0.0172	-0.053	0.4887	-0.3933	-0.0761	0.0856	-0.9729	-0.4413	0.0406	0.3424	0.0383	0.0178	0.2359	0.0821	0.2899	-15.9461	14.4458	6.9881
3	8.4252	-6.4766	4.3778	5.7505	-5.6503	9.1394	0.0823	-0.0817	0.2062	-0.0792	0.0327	-0.0587	0.0912	0.2959	-0.0742	0.1528	0.0012	0.0261	0.2053	-0.0398	0.1334	-4.5133	2.1623	7.8895
4	2.7418	-0.9909	-0.2037	3.6954	-0.0156	1.5541	-0.3245	-0.8918	-0.1401	0.3544	0.3209	-0.2512	0.3425	0.1364	-0.0824	0.213	0.0673	0.006	0.2475	0.016	0.1453	3.0879	-11.6613	7.211
5	3.7979	-0.55	-0.1101	3.0606	0.2317	1.9153	0.005	-0.5141	0.4116	0.0754	0.0519	-0.106	-0.1423	0.2567	-0.0839	0.1603	0.0017	0.0377	0.2251	-0.0445	0.1633	-2.0773	2.7622	4.3593
6	7.1539	-3.479	-2.9555	4.8377	-2.7974	7.5962	-0.0348	-1.4459	0.316	0.4734	0.0569	-0.9991	-0.2215	0.2363	0.2084	0.1935	-0.0393	-0.0771	0.3726	0.0446	0.3549	16.4175	-5.5639	6.7208
7	6.2409	1.2007	5.0527	3.4602	1.3211	8.0045	0.153	0.1122	-0.2792	0.069	-0.0527	-0.2311	0.0603	0.0332	-0.0667	0.1182	0.011	0.0232	0.1079	0.0269	0.1173	3.4636	-4.9219	-3.0492
8	6.5857	1.1871	4.6453	2.5187	0.4651	7.0149	-0.1047	0.0828	-0.088	-0.0952	0.0119	-0.0294	0.3315	-0.2155	0.0109	0.2589	-0.0289	0.0295	0.1605	0.0004	0.1763	0.7258	-15.9853	-6.1593
9	4.303	2.325	1.7537	5.2911	3.3746	4.847	-0.2427	0.1952	0.2719	-0.0568	0.2323	0.578	-0.5957	-0.5387	0.1462	0.4357	0.1361	0.0009	0.5074	0.1075	0.26	-18.1837	0.1375	-28.1821
10	2.2808	2.5743	0.2783	5.4571	2.0107	6.9267	-0.5371	-0.3699	1.2357	0.2308	-0.2465	1.1399	-0.7721	-1.8533	0.457	0.6314	0.3272	0.0087	0.8177	0.0133	0.5513	-23.8509	3.7952	-20.3532
11	7.6323	-1.2161	2.4503	2.082	-0.5217	4.945	-0.063	0.3584	-0.4466	0.0567	0.1494	0.2522	0.0746	-0.7357	-0.1228	0.2679	-0.0243	-0.0205	0.4643	0.0646	0.2231	-12.5878	-7.7981	-25.2688
12	7.0695	-4.8798	-1.0192	7.9667	2.4402	2.7744	0.1521	0.5556	0.3762	-0.3037	-0.0254	-0.5443	-0.3365	0.4204	-0.2576	0.2204	-0.0341	0.0448	0.3456	0.0312	0.1879	4.5856	-6.687	-20.7671
13	5.5505	-1.0049	0.1552	7.922	1.3558	3.1401	-0.0421	-0.1799	0.2945	-0.0112	0.263	0.1877	-0.1069	-0.2899	-0.0024	0.2106	-0.0154	-0.018	0.3476	0.0428	0.1751	-10.7978	-3.3603	-16.7154
14	4.5931	-5.7475	5.1166	7.9311	-4.8198	8.7754	0.4258	0.8174	-1.0995	-0.8139	-0.1649	-0.0092	0.9257	0.1282	-0.3231	0.4253	-0.0184	0.0147	0.241	-0.0683	0.2658	-1.0872	-21.4593	-23.7435
15	2.8781	-0.9578	-1.2132	7.9227	6.7914	8.2162	-0.0519	0.0084	-0.1114	-0.0257	0.0919	0.1923	0.1139	-0.0994	-0.0943	0.1191	-0.0088	-0.0029	0.2097	0.0608	0.1094	-0.6656	-11.283	-12.6331
16	6.2651	-3.9825	-0.5913	8.1825	3.5547	7.0982	-0.0903	0.004	0.5046	-0.4789	0.2472	-0.4514	-0.3177	0.2123	-0.1231	0.1496	-0.0274	-0.0073	0.3323	-0.0007	0.2115	8.4962	-6.4627	-10.8226

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 19 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 67 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 68 through 92 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 93 through 116 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 117 through 126 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 127 through 148 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 149 through 181 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 19 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 33 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 34 through 74 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 75 through 92 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 93 through 106 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 107 through 126 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 127 through 148 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 149 through 181 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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