+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oo2 | ||||||
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Title | ChdA complex with amido-chelocardin | ||||||
Components | Putative transcriptional regulatorTranscriptional regulation | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / ChdA complex with amido-chelocardin / Tet-R family like regulator / atypical tetracycline | ||||||
Function / homology | Function and homology information response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Amycolatopsis sulphurea (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Koehnke, J. / Sikandar, A. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2023 Title: Revision of the Absolute Configurations of Chelocardin and Amidochelocardin. Authors: Sikandar, A. / Popoff, A. / Jumde, R.P. / Mandi, A. / Kaur, A. / Elgaher, W.A.M. / Rosenberger, L. / Huttel, S. / Jansen, R. / Hunter, M. / Kohnke, J. / Hirsch, A.K.H. / Kurtan, T. / Muller, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8oo2.cif.gz | 216.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8oo2.ent.gz | 174.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8oo2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oo2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21001.045 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Amycolatopsis sulphurea (bacteria) / Gene: chdA, ATK36_5244 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: V9XTV0 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 16% (w/v) PEG 8000, 0.2 M sodium acetate and 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1.779 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.779 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→42.78 Å / Num. obs: 32227 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 11.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 24.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.322 / Num. unique obs: 2213 / CC1/2: 0.927 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→42.78 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 21.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→42.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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