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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oo2 | ||||||
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タイトル | ChdA complex with amido-chelocardin | ||||||
要素 | Putative transcriptional regulatorTranscriptional regulation | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / ChdA complex with amido-chelocardin / Tet-R family like regulator / atypical tetracycline | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Amycolatopsis sulphurea (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Koehnke, J. / Sikandar, A. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023 タイトル: Revision of the Absolute Configurations of Chelocardin and Amidochelocardin. 著者: Sikandar, A. / Popoff, A. / Jumde, R.P. / Mandi, A. / Kaur, A. / Elgaher, W.A.M. / Rosenberger, L. / Huttel, S. / Jansen, R. / Hunter, M. / Kohnke, J. / Hirsch, A.K.H. / Kurtan, T. / Muller, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8oo2.cif.gz | 216.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8oo2.ent.gz | 174.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8oo2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oo2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21001.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Amycolatopsis sulphurea (バクテリア) 遺伝子: chdA, ATK36_5244 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V9XTV0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 0.2 M sodium acetate and 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.779 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.779 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→42.78 Å / Num. obs: 32227 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.322 / Num. unique obs: 2213 / CC1/2: 0.927 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→42.78 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 21.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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