[日本語] English
万見
- PDB-8oo0: Chaetomium thermophilum Methionine Aminopeptidase 2 autoproteolys... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oo0
タイトルChaetomium thermophilum Methionine Aminopeptidase 2 autoproteolysis product at the 80S ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 30
  • (60S ribosomal protein ...) x 32
  • (Putative 60S ribosomal ...) x 2
  • (Putative ribosomal ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 7
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Hyaluronan/mRNA-binding protein domain-containing protein
  • Methionine aminopeptidase 2
  • Putative guanine nucleotide-binding protein
  • Ribosome-associated molecular chaperone SSB1
  • Ubiquitin-like domain-containing protein
  • dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ribosome Associated Factor / Protease / A-site / Factor binding site / Decoding center / Protein Maturation / Proteostasis / NME / p67 / p26 / Autoproteolysis / MAP / MetAP / MAP2 / MetAP2
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / metalloaminopeptidase activity / protein glycosylation / 90S preribosome / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity ...dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / metalloaminopeptidase activity / protein glycosylation / 90S preribosome / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA / methyltransferase activity / small-subunit processome / protein kinase C binding / ATP-dependent protein folding chaperone / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / methylation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gcn1, N-terminal / Generalcontrol nonderepressible 1 (Gcn1) N-terminal / Hyaluronan / mRNA binding family / Centromere-binding protein ParB, C-terminal / Centromere-binding protein ParB C-terminal / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / Centrosomal protein CEP104-like, TOG domain / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / : ...Gcn1, N-terminal / Generalcontrol nonderepressible 1 (Gcn1) N-terminal / Hyaluronan / mRNA binding family / Centromere-binding protein ParB, C-terminal / Centromere-binding protein ParB C-terminal / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / Centrosomal protein CEP104-like, TOG domain / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / : / RNA binding protein HABP4/SERBP1 / : / STT3/PglB/AglB core domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / Stm1-like, N-terminal / Stm1 / TOG domain / TOG / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / HEAT-like repeat / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / : / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L13e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ubiquitin-like domain-containing protein / 60S ribosomal protein L3-like protein ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ubiquitin-like domain-containing protein / 60S ribosomal protein L3-like protein / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 60S ribosomal protein L26-like protein / Ribosomal protein L15 / 40S ribosomal protein s10-like protein / 60S ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S13-like protein / 40S ribosomal protein s15-like protein / 60S ribosomal protein L6 / dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase / 60S ribosomal protein l9-like protein / 60S ribosomal protein l21-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / Ribosomal protein L37 / 40S ribosomal protein S4 / Putative plasmid related protein / Ribosomal protein s27-like protein / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein s5-like protein / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S27a-like protein / 40S ribosomal protein S20-like protein / Hyaluronan/mRNA-binding protein domain-containing protein / 60S ribosomal protein L2-like protein / 60S ribosomal protein L25-like protein / 60S ribosomal protein L43-like protein / 40S ribosomal protein S3 / Putative ribosomal protein / 60S ribosomal protein L32-like protein / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S17-like protein / 40S ribosomal protein S7 / 60S ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L18-like protein / 40S ribosomal protein S28-like protein / Ribosomal protein L19 / Putative guanine nucleotide-binding protein / 60S ribosomal protein L8 / 40S ribosomal protein S2-like protein / 60S ribosomal protein L36 / 40S ribosomal protein S16-like protein / 60S ribosomal protein L44-like protein / 60S ribosomal protein L20 / 60S ribosomal protein l33-like protein / Ribosome-associated molecular chaperone SSB1 / Putative 60S ribosomal protein / 60S ribosomal protein L22-like protein / Methionine aminopeptidase 2 / 60S ribosomal protein l5-like protein / 60S ribosomal protein l30-like protein / 60S ribosomal protein L10-like protein / 40S ribosomal protein S11-like protein / 60S ribosomal protein L4-like protein / 40S ribosomal protein S19-like protein / 60S ribosomal protein l7-like protein / 40S ribosomal protein S14-like protein / Ribosomal protein l34-like protein / 60S ribosomal protein L12-like protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / 60S ribosomal protein l17-like protein / 60S ribosomal protein L16-like protein / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S22-like protein / Large ribosomal subunit protein eL28 / Putative ribosomal protein / 40S ribosomal protein S21-like protein / 60S ribosomal protein l23-like protein / TRASH domain-containing protein / Ribosomal protein L38e / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS32A / 40S ribosomal protein S30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L29 / 40S ribosomal protein S29
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Klein, M.A. / Wild, K. / Kisonaite, M. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SI 586-6 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Methionine aminopeptidase 2 and its autoproteolysis product have different binding sites on the ribosome.
著者: Marius A Klein / Klemens Wild / Miglė Kišonaitė / Irmgard Sinning /
要旨: Excision of the initiator methionine is among the first co-translational processes that occur at the ribosome. While this crucial step in protein maturation is executed by two types of methionine ...Excision of the initiator methionine is among the first co-translational processes that occur at the ribosome. While this crucial step in protein maturation is executed by two types of methionine aminopeptidases in eukaryotes (MAP1 and MAP2), additional roles in disease and translational regulation have drawn more attention to MAP2. Here, we report several cryo-EM structures of human and fungal MAP2 at the 80S ribosome. Irrespective of nascent chains, MAP2 can occupy the tunnel exit. On nascent chain displaying ribosomes, the MAP2-80S interaction is highly dynamic and the MAP2-specific N-terminal extension engages in stabilizing interactions with the long rRNA expansion segment ES27L. Loss of this extension by autoproteolytic cleavage impedes interactions at the tunnel, while promoting MAP2 to enter the ribosomal A-site, where it engages with crucial functional centers of translation. These findings reveal that proteolytic remodeling of MAP2 severely affects ribosome binding, and set the stage for targeted functional studies.
履歴
登録2023年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: 28S rRNA
2: 18S rRNA
3: 5S rRNA
4: 5.8S rRNA
A: Putative guanine nucleotide-binding protein
B: Hyaluronan/mRNA-binding protein domain-containing protein
C: Ribosome-associated molecular chaperone SSB1
LA: 60S ribosomal protein L2-like protein
LB: 60S ribosomal protein L3-like protein
LC: 60S ribosomal protein L4-like protein
LD: 60S ribosomal protein l5-like protein
LE: 60S ribosomal protein L6
LF: 60S ribosomal protein l7-like protein
LG: 60S ribosomal protein L8
LH: 60S ribosomal protein l9-like protein
LI: 60S ribosomal protein L10-like protein
LJ: Putative ribosomal protein
LK: 60S ribosomal protein L12-like protein
LL: 60S ribosomal protein L13
LM: 60S ribosomal protein L14-like protein
LN: Ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L16-like protein
LP: 60S ribosomal protein l17-like protein
LQ: Ribosomal protein L18-like protein
LR: Ribosomal protein L19
LS: 60S ribosomal protein L20
LT: 60S ribosomal protein l21-like protein
LU: 60S ribosomal protein L22-like protein
LV: 60S ribosomal protein l23-like protein
LW: 60S ribosomal protein L24
LX: 60S ribosomal protein L25-like protein
LY: 60S ribosomal protein L26-like protein
LZ: 60S ribosomal protein L27
La: Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein
Lb: 60S ribosomal protein L29
Lc: 60S ribosomal protein l30-like protein
Ld: Putative 60S ribosomal protein
Le: 60S ribosomal protein L32-like protein
Lf: 60S ribosomal protein l33-like protein
Lg: Ribosomal protein l34-like protein
Lh: dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
Li: 60S ribosomal protein L36
Lj: Ribosomal protein L37
Lk: 60S ribosomal protein L38
Ll: 60S ribosomal protein L39
Lm: Ubiquitin-like domain-containing protein
Ln: 60S ribosomal protein L41-A
Lo: 60S ribosomal protein L44-like protein
Lp: 60S ribosomal protein L43-like protein
Lq: Putative 60S ribosomal protein
Lr: 60S ribosomal protein L41-A
Ls: 60S acidic ribosomal protein P0
SA: 40S ribosomal protein S0
SB: 40S ribosomal protein S1
SC: 40S ribosomal protein S2-like protein
SD: 40S ribosomal protein S3-like protein
SE: 40S ribosomal protein S4
SF: 40S ribosomal protein s5-like protein
SG: 40S ribosomal protein S6
SH: 40S ribosomal protein S7
SI: 40S ribosomal protein S8
SJ: 40S ribosomal protein s9-like protein
SK: 40S ribosomal protein s10-like protein
SL: 40S ribosomal protein S11-like protein
SM: 40S ribosomal protein S12
SN: 40S ribosomal protein S13-like protein
SO: 40S ribosomal protein S14-like protein
SP: 40S ribosomal protein s15-like protein
SQ: 40S ribosomal protein S16-like protein
SR: 40S ribosomal protein S17-like protein
SS: Putative ribosomal protein
ST: 40S ribosomal protein S19-like protein
SU: 40S ribosomal protein S20-like protein
SV: 40S ribosomal protein S21-like protein
SW: 40S ribosomal protein S22-like protein
SX: 40S ribosomal protein s23-like protein
SY: 40S ribosomal protein S24
SZ: 40S ribosomal protein S25
Sa: 40S ribosomal protein S26
Sb: Ribosomal protein s27-like protein
Sc: 40S ribosomal protein S28-like protein
Sd: 40S ribosomal protein S29
Se: 40S ribosomal protein S30
Sf: 40S ribosomal protein S27a-like protein
D: Methionine aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,341,84393
ポリマ－3,341,32085
非ポリマー5238
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 1234

#1: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1078730.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: GenBank: 7OLC_1
#2: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 578887.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
発現宿主: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: GenBank: 7OLC_2
#3: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38596.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
発現宿主: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: GenBank: 7OLC_3
#4: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50147.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
発現宿主: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: GenBank: MT316345.1

-
タンパク質 , 7種, 7分子 ABCLhLmLsD

#5: タンパク質 Putative guanine nucleotide-binding protein


分子量: 35149.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S9U0
#6: タンパク質 Hyaluronan/mRNA-binding protein domain-containing protein


分子量: 32667.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S428
#7: タンパク質 Ribosome-associated molecular chaperone SSB1 / Heat shock protein SSB1 / Hsp70 chaperone Ssb


分子量: 67110.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類)
参照: UniProt: G0SCU5, non-chaperonin molecular chaperone ATPase
#41: タンパク質 dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase


分子量: 14643.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類)
参照: UniProt: G0S0D7, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#46: タンパク質 Ubiquitin-like domain-containing protein


分子量: 14609.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: A0A2A9PNA8
#51: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0


分子量: 33853.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SGP3
#84: タンパク質 Methionine aminopeptidase 2


分子量: 41310.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
遺伝子: CTHT_0063100
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G0SEA9

+
60S ribosomal protein ... , 32種, 33分子 LALBLCLDLELFLGLHLILKLLLMLOLPLSLTLULVLWLXLYLZLbLcLeLfLiLkLlLn...

#8: タンパク質 60S ribosomal protein L2-like protein


分子量: 27598.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S4P8
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L3-like protein


分子量: 44069.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RXW1
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L4-like protein


分子量: 39439.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SFC3
#11: タンパク質 60S ribosomal protein l5-like protein


分子量: 35034.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SEG2
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 22132.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S0D6
#13: タンパク質 60S ribosomal protein l7-like protein


分子量: 28821.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SFL0
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 29744.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SAJ9
#15: タンパク質 60S ribosomal protein l9-like protein


分子量: 21582.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S0E5
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L10-like protein


分子量: 25255.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SEI1
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L12-like protein


分子量: 17802.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SGH8
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24191.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S992
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L14-like protein


分子量: 16111.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S1R0
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L16-like protein


分子量: 23035.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SH61
#23: タンパク質 60S ribosomal protein l17-like protein


分子量: 20941.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SGY1
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20341.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SCE2
#27: タンパク質 60S ribosomal protein l21-like protein


分子量: 18159.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S0Z3
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L22-like protein


分子量: 14302.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SDS8
#29: タンパク質 60S ribosomal protein l23-like protein


分子量: 14674.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SI44
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L24


分子量: 18081.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G2Q623
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L25-like protein


分子量: 17175.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S507
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L26-like protein


分子量: 15565.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RYN9
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15803.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RZE9
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7529.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: Q2H9W4
#36: タンパク質 60S ribosomal protein l30-like protein


分子量: 11602.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SEI0
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L32-like protein


分子量: 15095.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S6V4
#39: タンパク質 60S ribosomal protein l33-like protein


分子量: 12330.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SCL3
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12784.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SBN1
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 9466.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G2Q8J4
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6297.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: Q2H9R2
#47: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-A / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: P0CX86
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L44-like protein


分子量: 12045.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SBZ6
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L43-like protein


分子量: 10158.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S6B0

-
Putative ribosomal ... , 2種, 2分子 LJSS

#17: タンパク質 Putative ribosomal protein


分子量: 20119.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SHQ2
#70: タンパク質 Putative ribosomal protein


分子量: 17826.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S6J7

-
Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 LNLQLRLaLgLjSb

#21: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24307.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RZ88
#24: タンパク質 Ribosomal protein L18-like protein


分子量: 24195.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S9B5
#25: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 22409.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S9T3
#34: タンパク質 Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein


分子量: 16848.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G2QB77
#40: タンパク質 Ribosomal protein l34-like protein


分子量: 13492.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SFN0
#43: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10660.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S101
#79: タンパク質 Ribosomal protein s27-like protein


分子量: 8923.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S1S4

-
Putative 60S ribosomal ... , 2種, 2分子 LdLq

#37: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein


分子量: 13872.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SD68
#50: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein


分子量: 15960.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SHJ6

+
40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 SASBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSTSUSVSWSXSYSZSaScSdSeSf

#52: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 31158.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RYF9
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S1


分子量: 29245.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S7T8
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S2-like protein


分子量: 28556.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SAV4
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S3-like protein


分子量: 27893.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S6I7
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S1A6
#57: タンパク質 40S ribosomal protein s5-like protein


分子量: 23679.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S1Z0
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27490.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RY43
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 23084.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S8C4
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 23102.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RY45
#61: タンパク質 40S ribosomal protein s9-like protein


分子量: 22029.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S0Z4
#62: タンパク質 40S ribosomal protein s10-like protein


分子量: 18121.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RZD8
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S11-like protein


分子量: 18698.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SF00
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15961.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SHH9
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S13-like protein


分子量: 16912.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RZM9
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S14-like protein


分子量: 16071.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SFL1
#67: タンパク質 40S ribosomal protein s15-like protein


分子量: 17601.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S084
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S16-like protein


分子量: 15962.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SBR7
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S17-like protein


分子量: 16720.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S871
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S19-like protein


分子量: 17151.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SFK8
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S20-like protein


分子量: 13212.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S379
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S21-like protein


分子量: 10961.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SI21
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S22-like protein


分子量: 14905.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SHI0
#75: タンパク質 40S ribosomal protein s23-like protein


分子量: 15934.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RY17
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15535.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: P0CU28
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 10932.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S1Y9
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13616.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S2X4
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S28-like protein


分子量: 7741.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S9M9
#81: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6504.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: Q2HB68
#82: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6793.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: Q2H4C5
#83: タンパク質 40S ribosomal protein S27a-like protein


分子量: 17731.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S2X5

-
非ポリマー , 1種, 8分子

#85: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: MAP2 autoproteolysis product in complex with the 80S ribosome
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#84 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm
撮影電子線照射量: 54.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119160 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 108.07 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0055223721
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6139327371
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041140727
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006922176
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.9764101226

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る