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万見
- PDB-8ong: Structure of the endothelial monocyte activating polypeptide II (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ong
タイトルStructure of the endothelial monocyte activating polypeptide II (EMAP II) in solution
要素Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 1
キーワードCYTOKINE / cytokines / EMAP II / NMR spectroscopy / molecular dynamic simulations
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucagon secretion / Selenoamino acid metabolism / Cytosolic tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / leukocyte migration / negative regulation of endothelial cell proliferation / cytokine activity / GTPase binding / cell-cell signaling / angiogenesis ...positive regulation of glucagon secretion / Selenoamino acid metabolism / Cytosolic tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / leukocyte migration / negative regulation of endothelial cell proliferation / cytokine activity / GTPase binding / cell-cell signaling / angiogenesis / defense response to virus / tRNA binding / inflammatory response / translation / apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / molecular dynamics
データ登録者Lozhko, D. / Kolomiiets, L. / Kornelyuk, A.I. / Zhukov, I.
資金援助 ポーランド, European Union, 2件
組織認可番号国
Polish National Science CentreN 30107131/2150 ポーランド
European Communitys Seventh Framework ProgrammeBioNMR contract 261863European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis and conformational flexibility of endothelial monocyte activating polypeptide II (EMAP II) by means NMR spectroscopy and molecular dynamics simulations
著者: Lozhko, D. / Kolomiiets, L. / Zhukova, L. / Taube, M. / Dadlez, M. / Kozak, M. / Kornelyuk, A.I. / Zhukov, I.
履歴
登録2023年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5601
ポリマ－18,5601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Aminoacyl tRNA synthase complex-interacting multifunctional protein 1 / Multisynthase complex auxiliary component p43


分子量: 18559.541 Da / 分子数: 1 / 変異: N-terminal AMD after cleavage of the HisTag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIMP1, EMAP2, SCYE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12904

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HN(CO)CA
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic34D HN(CO)CA NUS
181isotropic34D HN(CA)CO NUS
191isotropic34D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic13D 1H-15N NOESY
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1121isotropic13D C(CO)NH
1131isotropic23D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.7 mM [U-13C; U-15N] EMAP II, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution20.4 mM [U-15N] EMAP II, 90% H2O/10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMEMAP II[U-13C; U-15N]1
0.4 mMEMAP II[U-15N]2
試料状態詳細: PBS 50 mM, NaCl 250 mM, DTT 10 mM. / イオン強度: 50 mM / Ionic strength err: 2 / Label: conditions_1 / pH: 8.0 / PH err: 0.2 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Agilent VNMRSAgilentVNMRS8001
Agilent VNMRSAgilentVNMRS7003
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJAgilent Inc.collection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M & Markley JLchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
YASARAKrieger E, KoraimannG & VriendG精密化
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M & Markley JLpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: molecular dynamic in water box
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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