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万見
- PDB-8on9: ASSFVRIa-bound Malacoceros FaNaC1 in lipid nanodiscs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8on9
タイトルASSFVRIa-bound Malacoceros FaNaC1 in lipid nanodiscs
要素
  • ASSFVRIamide, neuropeptide
  • FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Neuropeptide / ion channel / DEG/ENaC
生物種Malacoceros fuliginosus (無脊椎動物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kalienkova, V. / Dandamudi, M. / Paulino, C. / Lynagh, T.
資金援助 オランダ, ノルウェー, スイス, 3件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)722.017.001 オランダ
Norwegian Research Council234817 ノルウェー
Swiss National Science FoundationP500PB_203053 スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis for excitatory neuropeptide signaling.
著者: Valeria Kalienkova / Mowgli Dandamudi / Cristina Paulino / Timothy Lynagh /
要旨: Rapid signaling between neurons is mediated by ligand-gated ion channels, cell-surface proteins with an extracellular ligand-binding domain and a membrane-spanning ion channel domain. The ...Rapid signaling between neurons is mediated by ligand-gated ion channels, cell-surface proteins with an extracellular ligand-binding domain and a membrane-spanning ion channel domain. The degenerin/epithelial sodium channel (DEG/ENaC) superfamily is diverse in terms of its gating stimuli, with some DEG/ENaCs gated by neuropeptides, and others gated by pH, mechanical force or enzymatic activity. The mechanism by which ligands bind to and activate DEG/ENaCs is poorly understood. Here we dissected the structural basis for neuropeptide-gated activity of a neuropeptide-gated DEG/ENaC, FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1) from the annelid worm Malacoceros fuliginosus, using cryo-electron microscopy. Structures of FaNaC1 in the ligand-free resting state and in several ligand-bound states reveal the ligand-binding site and capture the ligand-induced conformational changes of channel gating, which we verified with complementary mutagenesis experiments. Our results illuminate channel gating in DEG/ENaCs and offer a structural template for experimental dissection of channel pharmacology and ion conduction.
履歴
登録2023年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)
D: ASSFVRIamide, neuropeptide
E: ASSFVRIamide, neuropeptide
F: ASSFVRIamide, neuropeptide
B: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)
C: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,68921
ポリマ－208,1516
非ポリマー4,53715
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26000 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area67450 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1)


分子量: 68605.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Malacoceros fuliginosus (無脊椎動物)
遺伝子: ON156825.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney, embryo
#2: タンパク質・ペプチド ASSFVRIamide, neuropeptide


分子量: 777.913 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Malacoceros fuliginosus (無脊椎動物)
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.205 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Malacoceros fuliginosus (無脊椎動物)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293S GnTI-
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMHEPESHEPES1
3100 uMASSFVRIamide1
試料濃度: 1.83 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: nanodisc-reconstituted Malacoceros FaNaC1 bound to the partial agonist (ASSFVRIamide)
試料支持詳細: at 5 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 49407 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 105 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 47.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7136
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 1-60

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Cootモデルフィッティング
19PHENIXモデル精密化
20ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4662322
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 477006 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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