+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8on5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the tail fibre from an extracellular contractile injection system from Photorhabdus bacteria | ||||||
![]() | Adenoviral fiber protein | ||||||
![]() | CELL ADHESION / Tail fibre from an extracellular contractile injection system from bacteria / cell surface recognition / PVC / cell surface attachment / virulence. | ||||||
機能・相同性 | Attachment protein shaft domain superfamily / virion attachment to host cell / Adenoviral fiber protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Godfrey, A.E. / Diaz-Saez, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the tail fibre from an extracellular contractile injection system from Photorhabdus bacteria 著者: Godfrey, A.E. / Diaz-Saez, L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 255.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 206.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23594.537 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PAU_02236 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.02 M CaCl2 dihydrate, 0.1M Na acetate pH 4.6, 30% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97951 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→60.03 Å / Num. obs: 70537 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 37.715 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Num. measured all: 26868 / Num. unique obs: 4480 / CC1/2: 0.941 / Rpim(I) all: 0.301 / Rrim(I) all: 0.735 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 2.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.635 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→60.03 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|