PDB-8omz: Wide inward-open unliganded UraA in complex with a conformation-s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8omz

タイトル

Wide inward-open unliganded UraA in complex with a conformation-selective synthetic nanobody

要素

Sy45
Uracil permease

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / SLC23 / Uracil transporter / UraA / sybody / nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

uracil:monoatomic cation symporter activity / uracil transport / uracil import across plasma membrane / uracil transmembrane transporter activity / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Kuhn, B.T. / Geertsma, E.R.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Interdomain-linkers control conformational transitions in an SLC23 elevator transporter
著者: Kuhn, B.T. / Zoeller, J. / Zimmermann, I. / Gemeinhardt, T. / Oezkul, D. / Langer, J.D. / Seeger, M.A. / Geertsma, E.R.

履歴

登録	2023年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8omz.cif.gz	500.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8omz.ent.gz	345.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8omz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8omz_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8omz_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	8omz_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	8omz_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/8omz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/8omz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oo1C 1zvhS 5xlsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uracil permease

B: Sy45

C: Uracil permease

D: Sy45

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.140, 118.110, 94.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.424, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Uracil permease / Uracil transporter / Uracil/H(+) symporter UraA 分子量: 46017.875 Da / 分子数: 2 / 変異: G320P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: uraA, b2497, JW2482 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGM7
#2: 抗体	Sy45 分子量: 16668.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)

-
糖 , 2種, 14分子

#4: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#6: 糖

ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₄₂O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 50 mM Tris, 50 mM magnesium acetate, 34% PEG400, 0.1% benzamidine hydrochloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.5→29.53 Å / Num. obs: 23921 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.583 % / B_iso Wilson estimate: 109.101 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 0.917 / Net I/σ(I): 20.67

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3.5-3.59	13.322	0.654	4.64	1755	0.984	0.681	99.9
3.59-3.69	14.314	0.523	5.77	1714	0.994	0.542	99.8
3.69-3.8	14.183	0.373	7.56	1692	0.995	0.387	99.9
3.8-3.91	14.121	0.301	8.52	1593	0.997	0.313	99.9
3.91-4.04	13.946	0.225	11.11	1584	0.998	0.234	99.9
4.04-4.18	13.91	0.162	13.47	1527	0.999	0.168	99.9
4.18-4.34	13.602	0.127	16.35	1482	0.999	0.132	99.7
4.34-4.52	12.815	0.106	18.67	1397	0.999	0.11	99.9
4.52-4.72	12.611	0.086	21.47	1363	0.999	0.09	99.9
4.72-4.95	14.073	0.089	23.44	1296	0.999	0.092	99.7
4.95-5.22	14.222	0.079	25.52	1243	0.999	0.082	100
5.22-5.53	13.984	0.092	25.5	1176	0.999	0.095	99.7
5.53-5.92	13.808	0.086	27.23	1097	0.998	0.09	100
5.92-6.39	13.028	0.076	29.77	1039	0.999	0.079	99.8
6.39-7	11.963	0.063	32.85	945	0.999	0.065	100
7-7.83	13.488	0.047	42.97	860	0.999	0.049	100
7.83-9.04	13.802	0.035	50.71	763	1	0.037	99.6
9.04-11.07	13.101	0.033	52.04	642	0.999	0.034	100
11.07-15.65	11.606	0.031	49.92	502	1	0.032	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1-3660-000	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX	1.17.1-3660-000	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XLS, 1ZVH

5xls

1zvh

解像度: 3.5→29.53 Å / SU ML: 0.4931 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.5171
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2599	1201	5.1 %
R_work	0.2408	22329	-
obs	0.2417	23530	98.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7969	0	378	0	8347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0013	8522
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3866	11577
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0354	1447
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	1363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.5283	1276

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.64	0.3306	95	0.3417	2198	X-RAY DIFFRACTION	86.86
3.64-3.81	0.3398	151	0.3153	2468	X-RAY DIFFRACTION	98.53
3.81-4.01	0.31	138	0.268	2489	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.01-4.26	0.2403	121	0.235	2515	X-RAY DIFFRACTION	99.66
4.26-4.58	0.2477	147	0.2066	2520	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.58-5.04	0.2762	121	0.2053	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.04-5.77	0.2279	143	0.2346	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
5.77-7.25	0.2759	135	0.2355	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
7.25-29.53	0.2149	150	0.222	2551	X-RAY DIFFRACTION	99.59

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.581355389862	-0.43431153523	-0.350978955133	1.35053590218	-0.0235557623984	1.78020389593	0.0970164183327	-0.0267584161275	0.187130650655	-0.184898789638	0.0858119836806	0.0374469731475	-0.635828083127	-0.0688450887908	0.0435161708442	0.635562100732	-0.00288477215136	0.0476750560141	0.545671315851	-0.03913285731	0.442945227647	5.96264564013	15.4096944937	18.4972985541
2	0.160478927192	0.138571757865	-0.20378437577	0.392374760468	-0.446570871655	0.527007437172	0.17027804938	0.253501656105	0.059832022925	-0.519414058062	-0.262496776231	-0.277210576764	0.124794508505	0.404280572178	-0.00423347515132	0.785490602056	-0.0546332474273	0.0780582840281	0.799860582819	-0.0603047514536	0.486641114546	27.5626269634	-0.330931046954	-4.16058255965
3	0.354624300762	0.254691756894	-0.330609535556	1.31623027279	0.350272424069	2.14501454807	-0.122063395623	0.041363744004	-0.164890173403	0.32962883773	0.122454119209	0.103549446396	0.944761136256	-0.10759388539	-0.00848207270592	0.796656878652	0.0479614848871	0.0738817333741	0.576130310058	-0.0218504151069	0.461545842461	3.68975252511	-24.9544942213	31.4678795491
4	1.13559232957	0.233917218747	0.0600626110092	0.762454384534	-0.173116879042	0.126663286998	0.136732421061	-0.0475339471789	0.410439143755	0.235529610633	-0.31585130789	-0.0517771776098	0.230027528813	0.39750666153	-0.0575362596671	0.812225010534	0.112581039526	0.0088435204775	0.757436337773	0.0151811960119	0.430795418445	15.7053578468	-8.93528072806	60.3162661059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 3 through 412)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid -1 through 125)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 4 through 412)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 0 through 125)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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