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万見
- PDB-8omx: NI,FE-CODH -600mV state : 1 min Dioxygen Exposure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8omx
タイトルNI,FE-CODH -600mV state : 1 min Dioxygen Exposure
要素Carbon monoxide dehydrogenase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / CLUSTER C / 4FE-4S / CYTOPLASM / IRON / IRON-SULFUR / MEMBRANE / METAL-BINDING / NICKEL
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HYDROSULFURIC ACID / FE(4)-NI(1)-S(5) CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Basak, Y. / Jeoung, J.-H. / Dobbek, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)DO 785/6-2 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Stepwise O 2 -Induced Rearrangement and Disassembly of the [NiFe 4 (OH)( mu 3 -S) 4 ] Active Site Cluster of CO Dehydrogenase.
著者: Basak, Y. / Jeoung, J.H. / Domnik, L. / Dobbek, H.
履歴
登録2023年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Carbon monoxide dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0526
ポリマ－66,9921
非ポリマー1,0605
水10,287571
1
X: Carbon monoxide dehydrogenase 2
ヘテロ分子

X: Carbon monoxide dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,10512
ポリマ－133,9852
非ポリマー2,12010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
Buried area9740 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area37850 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)112.740, 75.501, 71.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-1504-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase 2 / CODH 2


分子量: 66992.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
株: Z-2901 / DSM 6008 / 遺伝子: cooS2, cooSII, CHY_0085 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSSETTA DE3
参照: UniProt: Q9F8A8, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase

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非ポリマー , 6種, 576分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-NFS / FE(4)-NI(1)-S(5) CLUSTER


分子量: 442.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, PEG 3350 10-18%, Ammonium sulphate 0.18M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40.85 Å / Num. obs: 83154 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.38 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 0.115
反射 シェル解像度: 1.5→1.56 Å / Num. unique obs: 7758 / CC1/2: 0.658

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→40.82 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1928 2100 2.53 %
Rwork0.1554 --
obs0.1564 83024 93.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4654 0 23 571 5248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0916705
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5571835
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr1.454808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01869
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.33251230.30824762X-RAY DIFFRACTION83
1.54-1.580.25051400.26315376X-RAY DIFFRACTION93
1.58-1.620.24171400.23325394X-RAY DIFFRACTION95
1.62-1.670.23931410.20725429X-RAY DIFFRACTION95
1.67-1.720.21141410.19585444X-RAY DIFFRACTION95
1.72-1.780.25261430.16935524X-RAY DIFFRACTION96
1.78-1.850.1981420.16055459X-RAY DIFFRACTION96
1.85-1.940.19431360.15835257X-RAY DIFFRACTION91
1.94-2.040.19031420.14835485X-RAY DIFFRACTION96
2.04-2.170.20721450.14825549X-RAY DIFFRACTION96
2.17-2.330.1811410.1485447X-RAY DIFFRACTION95
2.33-2.570.1921400.15635412X-RAY DIFFRACTION94
2.57-2.940.18551360.15545244X-RAY DIFFRACTION91
2.94-3.710.18391440.1435557X-RAY DIFFRACTION96
3.71-40.820.16361460.12645585X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36060.01620.33870.3533-0.0930.39970.0879-0.0095-0.11950.0492-0.0331-0.06380.08920.02980.00230.1270.00320.00470.15330.01420.178391.827-7.777274.9417
20.5196-0.2639-0.07940.58950.10880.6908-0.09130.00190.20160.02460.0047-0.0108-0.29780.0444-0.03330.2417-0.0181-0.04060.1278-0.00890.210194.131527.915176.7531
30.31910.05910.22950.509-0.0460.2137-0.09090.09420.0827-0.08480.0067-0.0622-0.17210.0714-0.0050.1709-0.0389-0.00270.16030.01470.164297.552820.294464.7564
40.53210.3044-0.05560.21890.00450.2901-0.0145-0.11940.10480.333-0.01960.0156-0.1349-0.1517-0.02830.3226-0.001-0.01450.167-0.01370.120593.749616.1624100.3532
50.53730.25750.21830.7976-0.00050.3652-0.0297-0.11860.08740.25310.01150.0678-0.1574-0.0848-00.28530.01140.01350.2046-0.00810.168786.728711.523293.5956
60.41170.1131-0.14550.8862-0.26480.33420.0483-0.0959-0.09260.2003-0.0876-0.1878-0.08330.0960.00470.1958-0.0521-0.05110.20170.0350.2014114.081710.803888.3206
70.4860.14450.03620.67710.02430.27630.00210.0114-0.05870.0406-0.0167-0.1502-0.06550.0998-0.00070.1183-0.03520.00280.18040.0090.1822111.39359.569172.2568
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'X' and (resid 4 through 73 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'X' and (resid 74 through 154 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'X' and (resid 155 through 234 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'X' and (resid 235 through 293 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'X' and (resid 294 through 389 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'X' and (resid 390 through 511 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'X' and (resid 512 through 636 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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