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万見
- PDB-8omr: Human tRNA guanine transglycosylase (TGT) bound to tRNAAsp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8omr
タイトルHuman tRNA guanine transglycosylase (TGT) bound to tRNAAsp
要素
  • Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
  • Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
  • tRNAAsp
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA modification / transglycosylation / nucleid acid-protein complex / tRNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / mitochondrial outer membrane / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity ...tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / mitochondrial outer membrane / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit QTRTD1 / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
9-DEAZAGUANINE / RNA / RNA (> 10) / Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Sievers, K. / Neumann, P. / Susac, L. / Trowitzsch, S. / Tampe, R. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural and functional insights into tRNA recognition by human tRNA guanine transglycosylase.
著者: Katharina Sievers / Piotr Neumann / Lukas Sušac / Stefano Da Vela / Melissa Graewert / Simon Trowitzsch / Dmitri Svergun / Robert Tampé / Ralf Ficner /
要旨: Eukaryotic tRNA guanine transglycosylase (TGT) is an RNA-modifying enzyme which catalyzes the base exchange of the genetically encoded guanine 34 of tRNAs for queuine, a hypermodified 7-deazaguanine ...Eukaryotic tRNA guanine transglycosylase (TGT) is an RNA-modifying enzyme which catalyzes the base exchange of the genetically encoded guanine 34 of tRNAs for queuine, a hypermodified 7-deazaguanine derivative. Eukaryotic TGT is a heterodimer comprised of a catalytic and a non-catalytic subunit. While binding of the tRNA anticodon loop to the active site is structurally well understood, the contribution of the non-catalytic subunit to tRNA binding remained enigmatic, as no complex structure with a complete tRNA was available. Here, we report a cryo-EM structure of eukaryotic TGT in complex with a complete tRNA, revealing the crucial role of the non-catalytic subunit in tRNA binding. We decipher the functional significance of these additional tRNA-binding sites, analyze solution state conformation, flexibility, and disorder of apo TGT, and examine conformational transitions upon tRNA binding.
履歴
登録2023年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2
C: tRNAAsp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4576
ポリマ－115,1763
非ポリマー2813
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, assembly was verified by SEC-SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area7200 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area43440 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase


分子量: 44251.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Zn ion and 9DG are ligands / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QTRT1, TGT, TGUT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BXR0, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 / Queuine tRNA-ribosyltransferase domain-containing protein 1


分子量: 46775.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Zn is an ion / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QTRT2, QTRTD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H974
#3: RNA鎖 tRNAAsp


分子量: 24148.312 Da / 分子数: 1 / Mutation: U1A, C2G, C3G, G69C, G70C, A71U / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-9DG / 9-DEAZAGUANINE / 9-デアザグアニン


分子量: 150.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of human tRNA guanine transglycosylase and tRNAAsp
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 44.46 sec. / 電子線照射量: 62.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 463140 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037837
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68210955
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.8671700
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381295
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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