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- PDB-8om3: Small subunit of yeast mitochondrial ribosome in complex with IF3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8om3
タイトルSmall subunit of yeast mitochondrial ribosome in complex with IF3/Aim23.
要素
  • (37S ribosomal protein ...) x 28
  • (Mitochondrial ...) x 2
  • 15S mitochondrial rRNA
  • 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial
  • Altered inheritance of mitochondria protein 23, mitochondrial
  • Protein FYV4, mitochondrial
  • Ribosomal protein VAR1, mitochondrial
キーワードRIBOSOME / mitochondria / initiation factor 3 / pre-initiation complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Branched-chain amino acid catabolism / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / mitochondrial translational initiation / valine catabolic process / mitochondrial ribosome binding / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / sporulation resulting in formation of a cellular spore ...Branched-chain amino acid catabolism / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / mitochondrial translational initiation / valine catabolic process / mitochondrial ribosome binding / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / sporulation resulting in formation of a cellular spore / mitochondrial translation / superoxide dismutase activity / translation initiation factor activity / mRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / hydrolase activity / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Altered inheritance of mitochondria protein 23, mitochondrial / Mitochondrial translation initiation factor / Ribosomal protein VAR1 / : / Mitochondrial ribosomal protein (VAR1) / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit ...Altered inheritance of mitochondria protein 23, mitochondrial / Mitochondrial translation initiation factor / Ribosomal protein VAR1 / : / Mitochondrial ribosomal protein (VAR1) / Mitochondrial ribosomal protein MRP51, fungi / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S24, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial, fungi / Mitochondrial ribosomal protein subunit / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Ribosomal protein S35, mitochondrial / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / IGR protein motif / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S7 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein mS37 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS43 / Small ribosomal subunit protein uS14m ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein mS37 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS43 / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein uS4m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein mS47 / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein uS2m / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS41 / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein uS11m / Altered inheritance of mitochondria protein 23, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS42 / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein mS45 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS19m / Small ribosomal subunit protein uS13m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS8m / Small ribosomal subunit protein mS35
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Itoh, Y. / Chicherin, I. / Kamenski, P. / Amunts, A.
資金援助European Union, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
The Swedish Foundation for Strategic ResearchFFL15:0325 スウェーデン
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: METTL17 is an Fe-S cluster checkpoint for mitochondrial translation.
著者: Tslil Ast / Yuzuru Itoh / Shayan Sadre / Jason G McCoy / Gil Namkoong / Jordan C Wengrod / Ivan Chicherin / Pallavi R Joshi / Piotr Kamenski / Daniel L M Suess / Alexey Amunts / Vamsi K Mootha /
要旨: Friedreich's ataxia (FA) is a debilitating, multisystemic disease caused by the depletion of frataxin (FXN), a mitochondrial iron-sulfur (Fe-S) cluster biogenesis factor. To understand the cellular ...Friedreich's ataxia (FA) is a debilitating, multisystemic disease caused by the depletion of frataxin (FXN), a mitochondrial iron-sulfur (Fe-S) cluster biogenesis factor. To understand the cellular pathogenesis of FA, we performed quantitative proteomics in FXN-deficient human cells. Nearly every annotated Fe-S cluster-containing protein was depleted, indicating that as a rule, cluster binding confers stability to Fe-S proteins. We also observed depletion of a small mitoribosomal assembly factor METTL17 and evidence of impaired mitochondrial translation. Using comparative sequence analysis, mutagenesis, biochemistry, and cryoelectron microscopy, we show that METTL17 binds to the mitoribosomal small subunit during late assembly and harbors a previously unrecognized [FeS] cluster required for its stability. METTL17 overexpression rescued the mitochondrial translation and bioenergetic defects, but not the cellular growth, of FXN-depleted cells. These findings suggest that METTL17 acts as an Fe-S cluster checkpoint, promoting translation of Fe-S cluster-rich oxidative phosphorylation (OXPHOS) proteins only when Fe-S cofactors are replete.
履歴
登録2023年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 37S ribosomal protein MRP51, mitochondrial
B: 37S ribosomal protein MRP4, mitochondrial
C: Ribosomal protein VAR1, mitochondrial
D: 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial
E: 37S ribosomal protein S5, mitochondrial
F: 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial
G: 37S ribosomal protein S7, mitochondrial
H: 37S ribosomal protein S8, mitochondrial
I: 37S ribosomal protein S9, mitochondrial
J: 37S ribosomal protein S10, mitochondrial
K: 37S ribosomal protein S18, mitochondrial
L: 37S ribosomal protein S12, mitochondrial
M: 37S ribosomal protein SWS2, mitochondrial
N: 37S ribosomal protein MRP2, mitochondrial
O: 37S ribosomal protein S28, mitochondrial
P: 37S ribosomal protein S16, mitochondrial
Q: 37S ribosomal protein S17, mitochondrial
R: 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial
S: 37S ribosomal protein S19, mitochondrial
T: 37S ribosomal protein MRP21, mitochondrial
U: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial
V: 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial
W: 37S ribosomal protein S23, mitochondrial
X: Mitochondrial 37S ribosomal protein S27
Y: 37S ribosomal protein S24, mitochondrial
Z: 37S ribosomal protein MRP10, mitochondrial
1: Mitochondrial mRNA-processing protein COX24
2: Protein FYV4, mitochondrial
3: 37S ribosomal protein S26, mitochondrial
4: 37S ribosomal protein MRP1, mitochondrial
5: 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial
6: 37S ribosomal protein S35, mitochondrial
8: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial
r: 15S mitochondrial rRNA
d: Altered inheritance of mitochondria protein 23, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,513,707159
ポリマ－1,509,34035
非ポリマー4,368124
水26,7341484
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
37S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 ABDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWYZ3456

#1: タンパク質 37S ribosomal protein MRP51, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS1m


分子量: 39507.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: Q02950
#2: タンパク質 37S ribosomal protein MRP4, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS2m


分子量: 44205.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P32902
#4: タンパク質 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS4m / Nuclear accommodation of mitochondria protein 9


分子量: 56450.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P27929
#5: タンパク質 37S ribosomal protein S5, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS5m


分子量: 34941.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P33759
#6: タンパク質 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS6m / YmS16


分子量: 15046.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P28778
#7: タンパク質 37S ribosomal protein S7, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS7m


分子量: 27857.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P47150
#8: タンパク質 37S ribosomal protein S8, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS8m


分子量: 17391.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: Q03799
#9: タンパク質 37S ribosomal protein S9, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS9m


分子量: 31980.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P38120
#10: タンパク質 37S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS10m


分子量: 23458.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: Q03201
#11: タンパク質 37S ribosomal protein S18, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS11m / YmS18


分子量: 24603.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P42847
#12: タンパク質 37S ribosomal protein S12, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS12m


分子量: 16948.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P53732
#13: タンパク質 37S ribosomal protein SWS2, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS13m / Sick without securin protein 2


分子量: 16087.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P53937
#14: タンパク質 37S ribosomal protein MRP2, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS14m


分子量: 13563.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P10663
#15: タンパク質 37S ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS15m


分子量: 33116.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P21771
#16: タンパク質 37S ribosomal protein S16, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS16m


分子量: 13663.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: Q02608
#17: タンパク質 37S ribosomal protein S17, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS17m


分子量: 27683.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: Q03246
#18: タンパク質 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18m


分子量: 15866.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P40033
#19: タンパク質 37S ribosomal protein S19, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS19m


分子量: 10292.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P53733
#20: タンパク質 37S ribosomal protein MRP21, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS21m


分子量: 20432.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P38175
#21: タンパク質 37S ribosomal protein S25, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS23


分子量: 30554.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P40496
#22: タンパク質 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS26


分子量: 36059.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P17558
#23: タンパク質 37S ribosomal protein S23, mitochondrial / DAP-3 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS29


分子量: 50940.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: Q01163
#25: タンパク質 37S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal small subunit protein 24 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS35


分子量: 37458.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: Q03976
#26: タンパク質 37S ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS37 / YmS-T


分子量: 10709.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O75012
#29: タンパク質 37S ribosomal protein S26, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS42


分子量: 30257.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47141
#30: タンパク質 37S ribosomal protein MRP1, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS43


分子量: 36775.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P10662
#31: タンパク質 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS44 / YmS-A


分子量: 39045.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P12686
#32: タンパク質 37S ribosomal protein S35, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS45


分子量: 39638.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P53292

-
タンパク質 , 4種, 4分子 C28d

#3: タンパク質 Ribosomal protein VAR1, mitochondrial / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS3m


分子量: 47170.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P02381
#28: タンパク質 Protein FYV4, mitochondrial / Function required for yeast viability protein 4 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS41


分子量: 15321.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P38783
#33: タンパク質 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase, mitochondrial / 3-hydroxyisobutyryl-coenzyme A hydrolase / HIB-CoA hydrolase / HIBYL-CoA-H / Mitochondrial small ...3-hydroxyisobutyryl-coenzyme A hydrolase / HIB-CoA hydrolase / HIBYL-CoA-H / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS47


分子量: 56351.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P28817, 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase
#35: タンパク質 Altered inheritance of mitochondria protein 23, mitochondrial


分子量: 42613.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: XPM171a / 遺伝子: AIM23, YJL131C, J0682 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P47015

-
Mitochondrial ... , 2種, 2分子 X1

#24: タンパク質 Mitochondrial 37S ribosomal protein S27 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS33


分子量: 12420.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P53305
#27: タンパク質 Mitochondrial mRNA-processing protein COX24 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS38


分子量: 12800.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a / 参照: UniProt: P32344

-
RNA鎖 / 糖 , 2種, 2分子 r

#34: RNA鎖 15S mitochondrial rRNA


分子量: 528125.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: XPM171a
#38: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 4種, 1607分子

#36: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#37: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#39: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#40: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Small subunit of mitochondrial ribosome in complex with IF3/Aim23
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#7, #9-#35 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMpotassium chlorideKCl1
220 mMHEPES-KOH buffer pH7.51
35.0 mMmagnesium acetate1
42.0 mMdithiothreitol1
50.05 %n-dodecyl-beta-D-maltoside1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 40 eV

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7Coot0.9モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
13PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53922 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5MRC

5mrc


Accession code: 5MRC / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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