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- PDB-8ol9: Anti-FIXa Fab in complex with human des-(Gla-EGF1) FIXa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ol9
タイトルAnti-FIXa Fab in complex with human des-(Gla-EGF1) FIXa
要素
  • (Coagulation factor IX ...) x 2
  • Heavy chain of FIXa binding Fab
  • Light chain of FIXa binding Fab
キーワードBLOOD CLOTTING / Fab / FIXa
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F9 secretion / Defective gamma-carboxylation of F9 / coagulation factor IXa / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation ...Defective F9 secretion / Defective gamma-carboxylation of F9 / coagulation factor IXa / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Golgi lumen / blood coagulation / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0GJ / Coagulation factor IX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Johansson, E. / Svensson, L.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Computational design of N-linked glycans for high throughput epitope profiling.
著者: Greisen, P.J. / Yi, L. / Zhou, R. / Zhou, J. / Johansson, E. / Dong, T. / Liu, H. / Johnsen, L.B. / Lund, S. / Svensson, L.A. / Zhu, H. / Thomas, N. / Yang, Z. / Ostergaard, H.
履歴
登録2023年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light chain of FIXa binding Fab
B: Heavy chain of FIXa binding Fab
H: Coagulation factor IX heavy chain
L: Coagulation factor IX light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9039
ポリマ－80,1534
非ポリマー7505
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area31950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.440, 97.270, 366.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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Coagulation factor IX ... , 2種, 2分子 HL

#3: タンパク質 Coagulation factor IX heavy chain / Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC


分子量: 26190.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Coagulation factor IX - Homo sapiens / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00740, coagulation factor IXa
#4: タンパク質 Coagulation factor IX light chain / Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC


分子量: 6470.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00740, coagulation factor IXa

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Light chain of FIXa binding Fab


分子量: 23461.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Heavy chain of FIXa binding Fab


分子量: 24030.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 5種, 42分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-0GJ / L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide


タイプ: peptide-like / 分子量: 395.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28ClN6O5
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, !.0 M lithium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.98 Å / Num. obs: 33502 / % possible obs: 96.24 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 50.02 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1322 / Rpim(I) all: 0.06544 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 10.62
反射 シェル解像度: 2.602→2.695 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 2497 / CC1/2: 0.69 / CC star: 0.904 / Rpim(I) all: 0.452 / Rrim(I) all: 0.9306 / % possible all: 73.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→49.98 Å / SU ML: 0.4194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.8441
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3233 1657 5 %
Rwork0.2666 31483 -
obs0.2695 33140 96.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5559 0 45 37 5641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55217811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00351002
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3368797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.680.4686970.36441855X-RAY DIFFRACTION68.68
2.68-2.770.35161400.32722646X-RAY DIFFRACTION99.61
2.77-2.860.37071410.31472683X-RAY DIFFRACTION99.37
2.86-2.980.41881390.33682650X-RAY DIFFRACTION99.82
2.98-3.110.39031420.31222716X-RAY DIFFRACTION99.79
3.11-3.280.38691420.30212673X-RAY DIFFRACTION99.54
3.28-3.480.32721420.29452711X-RAY DIFFRACTION99.83
3.48-3.750.42961340.35332530X-RAY DIFFRACTION93.61
3.75-4.130.31361370.2562612X-RAY DIFFRACTION95.29
4.13-4.730.25321430.19832733X-RAY DIFFRACTION99.76
4.73-5.950.23691450.20522757X-RAY DIFFRACTION99.66
5.95-49.980.27421550.22662917X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.9522906073 Å / Origin y: -26.166444968 Å / Origin z: -56.609126574 Å
111213212223313233
T0.379843252529 Å2-0.0465753763153 Å2-0.0130054145799 Å2-0.304258676334 Å2-0.0208925811772 Å2--0.24254655289 Å2
L0.589799284109 °2-0.0634405567773 °2-0.0376269424582 °2-0.417107282203 °2-0.0941764353053 °2--0.692744593877 °2
S0.0663470563187 Å °-0.297090534127 Å °0.0182854428965 Å °0.361589766343 Å °0.0524394121416 Å °-0.0309993196652 Å °-0.0873130888483 Å °0.00916821642947 Å °-0.0734513767801 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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