PDB-8ojx: Streptavidin S112YK121E artificial metalloenzyme for carboamination

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ojx

タイトル

Streptavidin S112YK121E artificial metalloenzyme for carboamination

要素

Streptavidin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Streptavidin / Biotin / Artificial Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Igareta, N.V. / Ward, T.R.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptavidin WT artificial metalloenzyme for carboamination
著者: Igareta, N.V.

履歴

登録	2023年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ojx.cif.gz	63.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ojx.ent.gz	44.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ojx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ojx_validation.pdf.gz	729.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ojx_full_validation.pdf.gz	730.7 KB	表示
XML形式データ	8ojx_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	8ojx_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ojwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Streptavidin

ヘテロ分子

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
56.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.552, 57.552, 183.993
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-327- HOH
2	1	A-374- HOH
3	1	A-376- HOH
4	1	A-381- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 12987.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-0OD / trichloro{(1,2,3,4,5-eta)-1,2,3,4-tetramethyl-5-[2-({5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}amino)ethyl]cyclopentadienyl}rhodium(1+) / [Cp(Biot-methylene)RhCl(H2O)2]+ 分子量: 599.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₂Cl₃N₃O₂RhS / タイプ*: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-IR / IRIDIUM ION 分子量: 192.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 2 M ammonium sulfate 0.1 M sodium acetate pH 4.0 -> for soaking pH adjustment to pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1.00004 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00004 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→46.041 Å / Num. obs: 21012 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 29.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.76-46	20.1	0.048	3483	0.999	0.013	0.05
1.6-1.63	26.4	1.077	26921	0.929	0.3	1.118

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→46.041 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / WR_factor R_free: 0.205 / WR_factor R_work: 0.179 / SU B: 1.289 / SU ML: 0.045 / Average fsc free: 0.9738 / Average fsc work: 0.9799 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1968	1040	4.963 %
R_work	0.1713	19914	-
all	0.173	-	-
obs	-	20954	99.848 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.867 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.615 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.615 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.231 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.041 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	919	0	33	83	1035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	990
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	821
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.113	1.833	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.667	1.73	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.474	5	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.296	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.493	10	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.662	10	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.165	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.14	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.673	2.697	495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.671	2.701	496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.91	4.835	621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.908	4.839	622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.111	3.057	495
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.748	2.939	459
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.152	5.598	745
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.428	5.22	689
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.725	28.742	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.439	28.01	1065

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.642	0.227	52	0.213	1461	0.213	1513	0.954	0.966	100	0.187
1.642-1.686	0.226	70	0.186	1399	0.188	1469	0.971	0.975	100	0.16
1.686-1.735	0.18	65	0.18	1382	0.18	1447	0.972	0.978	100	0.152
1.735-1.789	0.236	78	0.164	1330	0.167	1408	0.968	0.982	100	0.142
1.789-1.847	0.204	81	0.168	1278	0.17	1359	0.973	0.982	100	0.147
1.847-1.912	0.207	66	0.166	1233	0.168	1306	0.972	0.982	99.464	0.146
1.912-1.984	0.235	65	0.17	1213	0.174	1285	0.967	0.979	99.4553	0.151
1.984-2.065	0.168	59	0.166	1168	0.166	1227	0.983	0.983	100	0.151
2.065-2.156	0.18	65	0.149	1118	0.151	1183	0.979	0.986	100	0.14
2.156-2.261	0.213	56	0.17	1061	0.172	1126	0.976	0.981	99.2007	0.158
2.261-2.383	0.246	47	0.164	1038	0.167	1090	0.967	0.983	99.5413	0.157
2.383-2.528	0.147	53	0.161	975	0.16	1028	0.986	0.983	100	0.157
2.528-2.701	0.192	42	0.163	918	0.164	960	0.982	0.984	100	0.166
2.701-2.917	0.219	55	0.162	857	0.165	912	0.972	0.983	100	0.171
2.917-3.194	0.192	42	0.169	808	0.17	850	0.976	0.982	100	0.186
3.194-3.569	0.182	36	0.162	726	0.163	763	0.981	0.984	99.8689	0.186
3.569-4.117	0.14	46	0.157	641	0.156	689	0.989	0.986	99.7097	0.184
4.117-5.032	0.188	33	0.146	558	0.148	591	0.974	0.988	100	0.18
5.032-7.075	0.179	17	0.217	457	0.216	474	0.982	0.974	100	0.273
7.075-46.041	0.466	12	0.258	293	0.266	305	0.949	0.945	100	0.336

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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