PDB-8ojw: Streptavidin WT artificial metalloenzyme for carboamination

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ojw

タイトル

Streptavidin WT artificial metalloenzyme for carboamination

要素

Streptavidin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Streptavidin / Biotin / Artificial Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.484 Å

データ登録者

Igareta, N.V. / Ward, T.R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptavidin WT artificial metalloenzyme for carboamination
著者: Igareta, N.V.

履歴

登録	2023年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ojw.cif.gz	64.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ojw.ent.gz	45 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ojw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ojw_validation.pdf.gz	749.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ojw_full_validation.pdf.gz	751.4 KB	表示
XML形式データ	8ojw_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	8ojw_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ojxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

ヘテロ分子

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
55.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.82, 57.82, 184.462
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-316- HOH
2	1	A-329- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 13009.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-0OD / trichloro{(1,2,3,4,5-eta)-1,2,3,4-tetramethyl-5-[2-({5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}amino)ethyl]cyclopentadienyl}rhodium(1+) / [Cp(Biot-methylene)RhCl(H2O)2]+ 分子量: 599.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₂Cl₃N₃O₂RhS / タイプ*: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 2.0 M ammonium sulfate 0.1 M sodium acetate -> soaking experiment by pH adjustment to pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1.0000305674359 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0000305674359 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.48→46.158 Å / Num. obs: 26459 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.13-46.12	16.1	0.084	3429	0.998	0.026	0.088
1.48-1.51	13.5	1.589	16908	0.612	0.637	1.716

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.484→46.158 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.209 / WR_factor R_work: 0.184 / SU B: 1.028 / SU ML: 0.039 / Average fsc free: 0.9735 / Average fsc work: 0.9773 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	1354	5.123 %
R_work	0.1795	25074	-
all	0.181	-	-
obs	-	26428	99.898 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.298 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.052 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.052 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.104 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.484→46.158 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	920	0	41	112	1073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	988
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.004	1.833	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.684	1.732	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.515	5	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.909	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.315	10	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.856	10	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.092	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.281	2.018	493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.258	2.02	493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.324	3.58	615
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.323	3.597	616
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.353	2.346	495
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.748	2.212	451
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.952	4.283	745
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.967	3.919	677
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.604	22.161	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.94	20.044	1038

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.484-1.523	0.249	110	0.256	1787	0.255	1919	0.959	0.955	98.8536	0.251
1.523-1.564	0.203	83	0.229	1789	0.228	1872	0.973	0.965	100	0.217
1.564-1.61	0.251	105	0.212	1689	0.214	1795	0.957	0.97	99.9443	0.197
1.61-1.659	0.171	77	0.184	1701	0.183	1778	0.98	0.978	100	0.169
1.659-1.714	0.235	67	0.178	1643	0.18	1711	0.972	0.98	99.9416	0.161
1.714-1.774	0.194	96	0.177	1575	0.178	1671	0.978	0.98	100	0.159
1.774-1.84	0.198	103	0.168	1490	0.17	1593	0.977	0.981	100	0.154
1.84-1.915	0.191	89	0.167	1470	0.168	1559	0.978	0.983	100	0.154
1.915-2	0.211	73	0.161	1429	0.164	1502	0.975	0.984	100	0.153
2-2.098	0.2	85	0.169	1340	0.171	1425	0.973	0.982	100	0.163
2.098-2.211	0.185	70	0.17	1291	0.17	1362	0.977	0.982	99.9266	0.167
2.211-2.345	0.178	72	0.167	1224	0.167	1296	0.983	0.981	100	0.16
2.345-2.506	0.139	53	0.158	1167	0.157	1220	0.987	0.985	100	0.159
2.506-2.706	0.198	61	0.166	1084	0.168	1146	0.978	0.983	99.9127	0.173
2.706-2.964	0.225	39	0.168	1017	0.17	1056	0.975	0.982	100	0.18
2.964-3.312	0.181	40	0.174	930	0.174	970	0.982	0.983	100	0.191
3.312-3.821	0.212	41	0.174	822	0.175	863	0.976	0.983	100	0.192
3.821-4.672	0.161	39	0.153	705	0.154	744	0.984	0.986	100	0.188
4.672-6.573	0.225	28	0.225	568	0.225	596	0.982	0.979	100	0.269
6.573-46.158	0.31	23	0.27	353	0.272	376	0.918	0.946	100	0.298

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関連情報:EMDBヘッダ

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