PDB-8ojv: Crystal structure of the human IgD Fab - structure Fab4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ojv

タイトル

Crystal structure of the human IgD Fab - structure Fab4

要素

(Human IgD Fab ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / Antibody / Immunoglobulin

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Davies, A.M. / Beavil, R.L. / McDonnell, J.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of the human IgD Fab reveal insights into C H 1 domain diversity.
著者: Davies, A.M. / Beavil, R.L. / Barbolov, M. / Sandhar, B.S. / Gould, H.J. / Beavil, A.J. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ojv.cif.gz	190 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ojv.ent.gz	150 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ojv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ojv_validation.pdf.gz	457 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ojv_full_validation.pdf.gz	459.5 KB	表示
XML形式データ	8ojv_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	8ojv_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8ojv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ojsC 8ojtC 8ojuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Human IgD Fab light chain

H: Human IgD Fab heavy chain

ヘテロ分子

49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.774, 71.645, 131.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体	Human IgD Fab light chain 分子量: 22769.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVitro / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Human IgD Fab heavy chain 分子量: 25399.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVitro / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 212分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 18% PEG 8000 and 0.2M lithium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9179 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→71.64 Å / Num. obs: 32773 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 37.27 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2634 / CC_1/2: 0.627 / R_pim(I) all: 0.57

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→62.93 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2163	1632	5 %
R_work	0.1789	-	-
obs	0.1808	32645	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→62.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3342	0	63	197	3602

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3537
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.705	4808
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.439	1268
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	616

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.16	0.2906	133	0.2724	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.23	0.2984	136	0.2435	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.31	0.2947	134	0.2364	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.4	0.2648	132	0.2341	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.51	0.2887	135	0.2196	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.65	0.2777	134	0.2206	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.81	0.2506	136	0.2227	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.03	0.2642	136	0.2025	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.33	0.2096	133	0.1875	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.82	0.2271	139	0.1731	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.81	0.1682	139	0.1312	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-62.93	0.1641	145	0.1454	2764	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7437	0.5117	-0.1844	1.2156	-0.0764	1.1197	0.0498	0.0904	-0.1357	-0.0031	0.0829	-0.1391	-0.0612	-0.065	0.0001	0.2112	0.0379	0.0265	0.3263	-0.0065	0.2833	10.6201	-18.4896	1.8388
2	0.9715	0.5833	-0.4733	1.2303	-0.6261	0.4722	-0.0625	0.1596	-0.1412	-0.0406	0.1033	0.0368	-0.0453	-0.0278	0	0.1891	0.0181	0.0232	0.3743	-0.0155	0.2818	6.8799	-17.4447	1.7692
3	0.524	-0.453	0.0611	0.0777	0.6478	1.6379	-0.1288	0.1557	0.008	-0.1323	-0.0599	0.0504	0.0392	-0.1356	0.0001	0.2894	-0.0105	0.0365	0.2277	0.0101	0.2609	29.985	-21.3468	-26.4849
4	0.1443	-0.3772	0.1201	0.8924	-0.2071	0.7036	-0.0801	0.3956	0.0675	0.211	0.0149	0.0722	0.1598	-0.0948	-0	0.3078	-0.0131	0.0401	0.3554	-0.0335	0.3241	32.8933	-21.3358	-22.987
5	0.9334	-0.422	0.839	0.92	-0.0246	0.923	0.0152	0.1224	0.0075	0.0347	-0.0891	-0.0514	0.1049	0.2462	0	0.3309	-0.0008	0.0641	0.3096	0.0432	0.2847	38.4355	-22.9078	-31.7566
6	2.1583	0.8599	-0.6563	1.9163	0.2102	1.5668	0.0684	0.039	0.311	0.1307	0.114	0.162	-0.4076	-0.1563	0.0006	0.3591	0.0822	0.0531	0.3068	0.0478	0.3431	12.458	2.4802	-1.9846
7	0.4976	-0.3035	0.0358	0.3125	-0.2213	0.3005	0.0992	-0.0253	-0.0789	0.1424	-0.091	0.0172	0.1055	0.2495	-0.0095	0.3493	-0.1263	0.038	0.2463	0.0255	0.2386	31.6054	-3.5211	-28.5867
8	1.1003	-0.57	-0.1447	2.1804	-1.7113	1.2202	0.2011	-0.0174	-0.0694	-0.2436	-0.1707	-0.0911	0.0943	0.0634	0.0007	0.3313	-0.0438	0.017	0.2296	0.007	0.2694	26.5203	-11.648	-31.7849
9	0.119	0.3355	-0.1022	1.1631	-1.1458	0.7254	0.2462	0.1143	-0.0328	-0.6199	-0.1795	0.2634	-0.2009	-0.4854	0	0.4481	0.0126	-0.0461	0.3035	-0.0067	0.3248	23.1827	-7.5906	-39.3133

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 2 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 51 through 105 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 106 through 155 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 156 through 176 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 177 through 217 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 2 through 119 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 120 through 134 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 135 through 191 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 192 through 224 )

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