PDB-8oju: Crystal structure of the human IgD Fab - structure Fab3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oju

タイトル

Crystal structure of the human IgD Fab - structure Fab3

要素

(Human IgD Fab ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / Antibody / Immunoglobulin

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Davies, A.M. / Beavil, R.L. / McDonnell, J.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of the human IgD Fab reveal insights into C H 1 domain diversity.
著者: Davies, A.M. / Beavil, R.L. / Barbolov, M. / Sandhar, B.S. / Gould, H.J. / Beavil, A.J. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M.

履歴

登録	2023年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oju.cif.gz	194.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oju.ent.gz	156.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oju.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oju_validation.pdf.gz	461.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oju_full_validation.pdf.gz	466 KB	表示
XML形式データ	8oju_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	8oju_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8oju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/8oju	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ojsC 8ojtC 8ojvC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Human IgD Fab light chain

H: Human IgD Fab heavy chain

ヘテロ分子

49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.893, 74.198, 70.915
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体	Human IgD Fab light chain 分子量: 22769.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVitro / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Human IgD Fab heavy chain 分子量: 25399.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVitro / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 397分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 6000 and 0.1M tri-sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9179 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→70.87 Å / Num. obs: 78636 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.11 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3890 / CC_1/2: 0.462 / R_pim(I) all: 0.661 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→51.25 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1893	3928	5 %
R_work	0.1568	-	-
obs	0.1585	78598	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→51.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3316	0	48	385	3749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3651
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.932	5030
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.617	1354
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	569
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.3059	140	0.2799	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.49	0.2967	143	0.2448	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.2729	137	0.223	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.2694	148	0.2073	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.2578	124	0.1976	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.57	0.2095	143	0.1738	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.2312	143	0.1775	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.62	0.234	136	0.1666	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.65	0.2193	141	0.1739	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.68	0.2259	139	0.1657	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.71	0.2315	142	0.1756	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.75	0.209	126	0.1892	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.2608	146	0.1651	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.213	144	0.1554	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.87	0.2118	130	0.1407	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.92	0.1703	149	0.1354	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.98	0.1806	135	0.1375	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.04	0.1542	146	0.1482	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.12	0.1729	135	0.1524	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.2	0.2122	137	0.1481	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.3	0.189	137	0.151	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.42	0.1944	153	0.1543	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.57	0.1859	137	0.1583	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.77	0.2029	140	0.1619	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-3.05	0.1941	149	0.1585	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.49	0.1792	146	0.1563	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-4.4	0.1514	139	0.1392	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-51.25	0.164	143	0.1514	2742	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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