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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ojs | ||||||
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Title | Crystal structure of the human IgD Fab - structure Fab1 | ||||||
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Function / homology | ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Davies, A.M. / Beavil, R.L. / McDonnell, J.M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structures of the human IgD Fab reveal insights into C H 1 domain diversity. Authors: Davies, A.M. / Beavil, R.L. / Barbolov, M. / Sandhar, B.S. / Gould, H.J. / Beavil, A.J. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 345.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 287.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ojtC ![]() 8ojuC ![]() 8ojvC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 22769.070 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 25399.461 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | ![]() #4: Chemical | ChemComp-EDO / | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.67 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG 3350 and 0.2M sodium phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 29, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.75→69.15 Å / Num. obs: 27217 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 72.92 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.88 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3604 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.504 / % possible all: 98.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→69.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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