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- PDB-8oj2: Crystal structure of the DNA binding domain of M. polymorpha Auxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oj2
タイトルCrystal structure of the DNA binding domain of M. polymorpha Auxin Response Factor 2 (MpARF2) in complex with protomor-like sequence IR7
要素
  • Auxin response factor
  • IR7
キーワードTRANSCRIPTION / Molecular caliper / Auxin Response Factor / Transcription factor / DNA binding / Nucleus / Hormone Response
機能・相同性
機能・相同性情報


auxin-activated signaling pathway / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor ancillary domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily ...Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor ancillary domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / : / PB1 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Auxin response factor
類似検索 - 構成要素
生物種Marchantia polymorpha (ゼニゴケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Crespo, I. / Weijers, D. / Boer, D.R.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)PID2020-117028 GB-I00 スペイン
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BIO2016-77883-C2-2-P スペイン
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)FIS2015-72574-EXP スペイン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: The structure and function of the DNA binding domain of class B MpARF2 share more traits with class A AtARF5 than to that of class B AtARF1.
著者: Crespo, I. / Malfois, M. / Rienstra, J. / Tarres-Sole, A. / van den Berg, W. / Weijers, D. / Boer, D.R.
履歴
登録2023年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Auxin response factor
B: IR7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3824
ポリマ－47,1512
非ポリマー2312
水50428
1
A: Auxin response factor
B: IR7
ヘテロ分子

A: Auxin response factor
B: IR7
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration, A peak with mobility compatible with a dimer in complex with DNA is detected in solution (20 mM Tris-HCl pH8, 150mM NaCl) according to column calibration
  • 94.8 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7638
ポリマ－94,3024
非ポリマー4614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455-x-1/2,y,-z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area34380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.622, 79.682, 146.297
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Space group name HallI2b2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z+1/2
#3: -x+1/2,y,-z
#4: -x,-y+1/2,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#7: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Auxin response factor


分子量: 40694.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 遺伝子: MARPO_0011s0167 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G3FH20
#2: DNA鎖 IR7


分子量: 6456.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ)
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 ul of protein at 4.6mg/ml in 15mM Hepes pH7.5, 150mM NaCl, 20mM DTT were mixed with 1 ul reservoir (0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH6.5, 24% PEG 3350) and equilibrated against 80 ul reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0722 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月12日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.558→73.148 Å / Num. obs: 12755 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 76.71 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.558→2.747 Å / Rmerge(I) obs: 2.67 / Num. unique obs: 638 / CC1/2: 0.448 / % possible all: 41.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MxCuBE2.3.0.1データ収集
autoPROC1.0.5data processing
PHENIX1.19.2_4158位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
autoPROC1.0.5データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.56→56.32 Å / SU ML: 0.4162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.1783
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 616 4.84 %
Rwork0.2198 12117 -
obs0.2221 12733 82.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→56.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2262 489 13 28 2792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00352885
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64134021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0401442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.7767559
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.820.507690.40171285X-RAY DIFFRACTION36.14
2.82-3.220.36232120.31163591X-RAY DIFFRACTION99.76
3.22-4.060.28591290.23593468X-RAY DIFFRACTION93.55
4.06-56.320.23192060.18653773X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.7422207331 Å / Origin y: -0.0670656806963 Å / Origin z: -14.5942071215 Å
111213212223313233
T0.384215452718 Å2-0.0599458576355 Å20.0104082653289 Å2-0.39963268881 Å20.0216679925427 Å2--0.381634283462 Å2
L0.475566485216 °2-0.436153125866 °2-0.141054869444 °2-0.406102735712 °20.0143636332676 °2--1.67007306755 °2
S0.0399468229809 Å °0.0850907582895 Å °-0.0340344840407 Å °0.0188931028434 Å °-0.000524023577062 Å °0.26614297162 Å °0.466792267288 Å °-0.0700369595245 Å °-0.00395093591562 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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