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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oik | ||||||
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タイトル | D-PHAT domain (NTD) of human SAMD4A | ||||||
![]() | Protein Smaug homolog 1 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / protein interaction domain / dimerization domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / translation repressor activity / positive regulation of translation / P-body / fibrillar center / cell junction / mRNA binding / synapse / dendrite / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kubikova, J. / Jeske, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for binding of Drosophila Smaug to the GPCR Smoothened and to the germline inducer Oskar. 著者: Kubikova, J. / Ubartaite, G. / Metz, J. / Jeske, M. #1: ![]() タイトル: Structural basis for binding of Smaug to the GPCR Smoothened and to the germline inducer Oskar 著者: Kubikova, J. / Ubartaite, G. / Metz, J. / Jeske, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8oijC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20829.803 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.61 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 8% jeffamine M-600 pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月2日 | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.62→63.05 Å / Num. obs: 89788 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 33.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 19.2 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.7 Å / Num. unique obs: 4488 / CC1/2: 0.34 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→49.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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