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- PDB-8oii: Cryo-EM KSB domain of RhiE from Burkholderia rhizoxinica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oii
タイトルCryo-EM KSB domain of RhiE from Burkholderia rhizoxinica
要素RhiE protein,Polyketide synthase domain protein RhiE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Polyketide (ポリケチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily ...: / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RhiE protein / Polyketide synthase domain protein RhiE
類似検索 - 構成要素
生物種Mycetohabitans rhizoxinica (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Capper, M.J. / Koehnke, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W003090/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Analysis of a Chain-Branching Polyketide Synthase Module
著者: Dell, M. / Tran, M.A. / Capper, M.J. / Sundaram, S. / Fiedler, J. / Koehnke, J. / Hellmich, U. / Hertwick, C.
履歴
登録2023年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RhiE protein,Polyketide synthase domain protein RhiE
B: RhiE protein,Polyketide synthase domain protein RhiE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,0542
ポリマ－231,0542
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A3053 - 3965
2010B3053 - 3965

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要素

#1: タンパク質 RhiE protein,Polyketide synthase domain protein RhiE / Rhizoxin synthesis polyketide synthase RhiE


分子量: 115527.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycetohabitans rhizoxinica (バクテリア)
遺伝子: rhiE, rhiE, B0O95_10712 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A1KQS1, UniProt: I7LFI3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homodimeric complex of RhiE KSB domains / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.23 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycetohabitans rhizoxinica (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8
緩衝液成分濃度: 20 mM
名称: Tris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse sample in minimal buffer
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 288 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL
撮影電子線照射量: 53.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3579
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 3300635
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 393352 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.84→129.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.842 / SU B: 7.146 / SU ML: 0.131 / ESU R: 0.361
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3682 --
obs0.3682 185005 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 74.882 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 14940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00514380
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49319522
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.5181970
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0422148
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052558
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 62868 / Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.914 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork2.754 13661 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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