PDB-8oig: Crystal Structure of Staphopain C from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oig

タイトル

Crystal Structure of Staphopain C from Staphylococcus aureus

要素

Thiol protease

システインプロテアーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / cystein protease /

thiol protease (システインプロテアーゼ) / papain-fold /

staphopain (スタホパイン)

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type peptidase activity /

タンパク質分解 / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

McEwen, A.G. / Magoch, M. / Napolitano, V. / Dubin, G. / Wladyka, B.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of Staphopain C from Staphylococcus aureus.
著者: Magoch, M. / McEwen, A.G. / Napolitano, V. / Wladyka, B. / Dubin, G.

履歴

登録	2023年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oig.cif.gz	218.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oig.ent.gz	178.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oig.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oig	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol protease

B: Thiol protease

C: Thiol protease

ヘテロ分子

59.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol protease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol protease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Thiol protease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.136, 103.136, 51.204
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Thiol protease / システインプロテアーゼ分子量: 19636.686 Da / 分子数: 3 / 変異: D101G / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: Q8RJP3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M AmSO4, 0.1M Tris, ph 8.5, 12% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.05 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→51.57 Å / Num. obs: 80816 / % possible obs: 97.59 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11.07
反射シェル	解像度: 1.582→1.639 Å / Num. unique obs: 8329 / CC_1/2: 0.978

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
AutoProcess		データ削減
AutoProcess		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.58→51.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.322 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.008 / ESU R Free: 0.01 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.11597	2024	2.5 %	RANDOM
R_work	0.08754	-	-	-
obs	0.08824	78756	97.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.511 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.58→51.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4116	0	28	441	4585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.011	4288
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.916	1.653	5814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.641	1.592	8945
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.53	5	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.374	5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.644	10	698
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	593
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	5250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.05	0.849	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.047	0.849	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.564	1.527	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.564	1.527	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.629	1.008	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.629	1.008	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.413	1.771	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.048	9.84	5033
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.908	8.98	4926
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.582→1.623 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.111	108	-
R_work	0.089	5966	-
obs	-	-	98.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0229	0.0253	0.3753	0.6241	-0.2623	0.6941	-0.0203	-0.0343	-0.1239	-0.0002	0.0567	-0.0102	0.0472	-0.0075	-0.0364	0.0246	0.0078	-0.0016	0.0158	-0.0024	0.0093	-48.459	73.855	16.42
2	0.9549	0.0437	-0.4297	1.4803	0.1328	0.886	0.0428	0.0461	0.0369	-0.0089	0.0001	-0.1251	0.0178	0.0319	-0.0429	0.0086	0.0004	0.0009	0.0416	0.0011	0.0128	-36.504	33.979	28.312
3	1.3751	-0.5593	0.0322	1.5041	-0.4559	0.7715	0.0379	0.0282	-0.0792	0.0566	0.0088	0.0689	0.0341	-0.0256	-0.0467	0.0191	-0.003	-0.0029	0.0026	-0.0001	0.0073	-11.291	48.657	7.614

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301 - 399
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301 - 399
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301 - 399

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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