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- PDB-8oi5: Crystal structure of the Candida albicans 80S ribosome in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oi5
タイトルCrystal structure of the Candida albicans 80S ribosome in complex with Paromomycin (2mM)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 25
  • (60S ribosomal protein ...) x 37
  • (Ribosomal protein ...) x 10
  • 18S
  • 25S
  • 5.8S
  • 5S
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 fusion protein
  • Uncharacterized protein CaJ7.0206
キーワードRIBOSOME / Candida albicans / paromomycin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / yeast-form cell wall / regulation of cytoplasmic translation / GCN2-mediated signaling / hyphal cell wall / triplex DNA binding / preribosome / ribosome hibernation / translation elongation factor binding ...negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / yeast-form cell wall / regulation of cytoplasmic translation / GCN2-mediated signaling / hyphal cell wall / triplex DNA binding / preribosome / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / negative regulation of p38MAPK cascade / regulation of translational initiation in response to stress / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / telomeric DNA binding / mRNA destabilization / negative regulation of translational frameshifting / TOR signaling / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / signaling receptor activator activity / translational elongation / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / ribosomal subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / protein-membrane adaptor activity / translation repressor activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / positive regulation of autophagy / rescue of stalled ribosome / telomere maintenance / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / G protein-coupled receptor signaling pathway / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / cell surface / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA binding protein HABP4/SERBP1 / Stm1-like, N-terminal / Stm1 / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / : / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 ...RNA binding protein HABP4/SERBP1 / Stm1-like, N-terminal / Stm1 / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / : / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / : / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / : / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3K5 / PAROMOMYCIN / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...Chem-3K5 / PAROMOMYCIN / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Ribosome-associated protein STM1 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Small ribosomal subunit protein eS30 / Small ribosomal subunit protein uS14 / 60S ribosomal protein L42-B / Ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S17-B / 40S ribosomal protein S26 / Ribosomal protein L22 / 60S ribosomal protein L7-A / 60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L33-A / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S10-A / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L13 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 60S ribosomal protein L20 / 40S ribosomal protein S28-B / 60S ribosomal protein L8 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L9-B / 60S ribosomal protein L23-A / 60S ribosomal protein L24-A / 60S ribosomal protein L18-A / 40S ribosomal protein S19-A / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S25 / 60S ribosomal protein L29 / 40S ribosomal protein S22-A / 40S ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S23 (S12) / Small ribosomal subunit protein uS11 / 60S ribosomal protein L34-B / 60S ribosomal protein L21-A / 60S ribosomal protein L31-B / 60S ribosomal protein L11-B / Ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L2-B / 60S ribosomal protein L14-B / Ribosomal protein L24 / 40S ribosomal protein S18-B / 40S ribosomal protein S13 / 60S ribosomal protein L4-B / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Ribosomal protein L29 / Uncharacterized protein CaJ7.0206 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein eS21
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kolosova, O. / Zgadzay, Y. / Yusupov, M.
資金援助 フランス, ロシア, 4件
組織認可番号国
Foundation for Medical Research (France)DEQ20181039600 フランス
Foundation for Medical Research (France)DBF20160635745 フランス
Foundation for Medical Research (France)FDT202204014886 フランス
Russian Science Foundation20-65-47031 ロシア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Mechanism of read-through enhancement by aminoglycosides and mefloquine
著者: Kolosova, O. / Zgadzay, Y. / Yusupov, M.
履歴
登録2023年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: 25S
3: 5S
4: 5.8S
j: 60S ribosomal protein L2-B
k: 60S ribosomal protein L3
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AG: 60S ribosomal protein L33-A
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B: 18S
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V: 40S ribosomal protein S19-A
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X: 40S ribosomal protein S21
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Z: Ribosomal protein S23 (S12)
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f: 40S ribosomal protein S29A
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h: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 fusion protein
AR: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
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BI: 60S ribosomal protein L15-A
BJ: Ribosomal protein L13
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BZ: 60S ribosomal protein L32
CA: 60S ribosomal protein L33-A
CB: 60S ribosomal protein L34-B
CC: Ribosomal protein L29
CD: 60S ribosomal protein L36
CE: 60S ribosomal protein L37-B
CF: 60S ribosomal protein L38
CG: 60S ribosomal protein L39
CH: 60S ribosomal protein L40-B
CI: 60S ribosomal protein L41
CJ: 60S ribosomal protein L42-B
CK: 60S ribosomal protein L43-A
CM: 18S
CN: 40S ribosomal protein S0
CO: 40S ribosomal protein S1
CP: Ribosomal protein S5
CQ: Ribosomal protein S3
CR: 40S ribosomal protein S4
CS: Ribosomal protein S7
CT: 40S ribosomal protein S6
CU: 40S ribosomal protein S7
CV: 40S ribosomal protein S8
CW: Ribosomal protein S4
CX: 40S ribosomal protein S10-A
CY: 40S ribosomal protein S11A
CZ: 40S ribosomal protein S12
DA: 40S ribosomal protein S13
DB: 40S ribosomal protein S14-A
DC: 40S ribosomal protein S15
DD: 40S ribosomal protein S16
DE: 40S ribosomal protein S17-B
DF: 40S ribosomal protein S18-B
DG: 40S ribosomal protein S19-A
DH: Ribosomal protein S10
DI: 40S ribosomal protein S21
DJ: 40S ribosomal protein S22-A
DK: Ribosomal protein S23 (S12)
DL: 40S ribosomal protein S24
DM: 40S ribosomal protein S25
DN: 40S ribosomal protein S26
DO: 40S ribosomal protein S27
DP: 40S ribosomal protein S28-B
DQ: 40S ribosomal protein S29A
DR: 40S ribosomal protein S30
i: 60S ribosomal protein CAALFM_C304810CA
CL: 60S ribosomal protein CAALFM_C304810CA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,240,8641230
ポリマ－6,180,759156
非ポリマー60,1061074
水00
1
1: 25S
3: 5S
4: 5.8S
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u: 60S ribosomal protein L14-B
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w: Ribosomal protein L13
x: Ribosomal protein L22
y: 60S ribosomal protein L18-A
z: 60S ribosomal protein L19-A
0: 60S ribosomal protein L20
2: 60S ribosomal protein L21-A
5: 60S ribosomal protein L22-B
6: 60S ribosomal protein L23-A
7: 60S ribosomal protein L24-A
8: 60S ribosomal protein L25
9: Ribosomal protein L24
AA: 60S ribosomal protein L27
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AC: 60S ribosomal protein L29
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AF: 60S ribosomal protein L32
AG: 60S ribosomal protein L33-A
AH: 60S ribosomal protein L34-B
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AJ: 60S ribosomal protein L36
AK: 60S ribosomal protein L37-B
AL: 60S ribosomal protein L38
AM: 60S ribosomal protein L39
AN: 60S ribosomal protein L40-B
AO: 60S ribosomal protein L41
AP: 60S ribosomal protein L42-B
AQ: 60S ribosomal protein L43-A
B: 18S
C: 40S ribosomal protein S0
D: 40S ribosomal protein S1
E: Ribosomal protein S5
F: Ribosomal protein S3
G: 40S ribosomal protein S4
H: Ribosomal protein S7
I: 40S ribosomal protein S6
J: 40S ribosomal protein S7
K: 40S ribosomal protein S8
L: Ribosomal protein S4
M: 40S ribosomal protein S10-A
N: 40S ribosomal protein S11A
O: 40S ribosomal protein S12
P: 40S ribosomal protein S13
Q: 40S ribosomal protein S14-A
R: 40S ribosomal protein S15
S: 40S ribosomal protein S16
T: 40S ribosomal protein S17-B
U: 40S ribosomal protein S18-B
V: 40S ribosomal protein S19-A
W: Ribosomal protein S10
X: 40S ribosomal protein S21
Y: 40S ribosomal protein S22-A
Z: Ribosomal protein S23 (S12)
a: 40S ribosomal protein S24
b: 40S ribosomal protein S25
c: 40S ribosomal protein S26
d: 40S ribosomal protein S27
e: 40S ribosomal protein S28-B
f: 40S ribosomal protein S29A
g: 40S ribosomal protein S30
h: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 fusion protein
AR: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
i: 60S ribosomal protein CAALFM_C304810CA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,155,057640
ポリマ－3,118,98479
非ポリマー36,073561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
AS: 25S
AT: 5S
AU: 5.8S
AW: 60S ribosomal protein L2-B
AX: 60S ribosomal protein L3
AY: 60S ribosomal protein L4-B
AZ: Uncharacterized protein CaJ7.0206
BA: 60S ribosomal protein L6
BB: 60S ribosomal protein L7-A
BC: 60S ribosomal protein L8
BD: 60S ribosomal protein L9-B
BE: 60S ribosomal protein L10
BF: 60S ribosomal protein L11-B
BG: 60S ribosomal protein L13
BH: 60S ribosomal protein L14-B
BI: 60S ribosomal protein L15-A
BJ: Ribosomal protein L13
BK: Ribosomal protein L22
BL: 60S ribosomal protein L18-A
BM: 60S ribosomal protein L19-A
BN: 60S ribosomal protein L20
BO: 60S ribosomal protein L21-A
BP: 60S ribosomal protein L22-B
BQ: 60S ribosomal protein L23-A
BR: 60S ribosomal protein L24-A
BS: 60S ribosomal protein L25
BT: Ribosomal protein L24
BU: 60S ribosomal protein L27
BV: 60S ribosomal protein L28
BW: 60S ribosomal protein L29
BX: 60S ribosomal protein L30
BY: 60S ribosomal protein L31-B
BZ: 60S ribosomal protein L32
CA: 60S ribosomal protein L33-A
CB: 60S ribosomal protein L34-B
CC: Ribosomal protein L29
CD: 60S ribosomal protein L36
CE: 60S ribosomal protein L37-B
CF: 60S ribosomal protein L38
CG: 60S ribosomal protein L39
CH: 60S ribosomal protein L40-B
CI: 60S ribosomal protein L41
CJ: 60S ribosomal protein L42-B
CK: 60S ribosomal protein L43-A
CM: 18S
CN: 40S ribosomal protein S0
CO: 40S ribosomal protein S1
CP: Ribosomal protein S5
CQ: Ribosomal protein S3
CR: 40S ribosomal protein S4
CS: Ribosomal protein S7
CT: 40S ribosomal protein S6
CU: 40S ribosomal protein S7
CV: 40S ribosomal protein S8
CW: Ribosomal protein S4
CX: 40S ribosomal protein S10-A
CY: 40S ribosomal protein S11A
CZ: 40S ribosomal protein S12
DA: 40S ribosomal protein S13
DB: 40S ribosomal protein S14-A
DC: 40S ribosomal protein S15
DD: 40S ribosomal protein S16
DE: 40S ribosomal protein S17-B
DF: 40S ribosomal protein S18-B
DG: 40S ribosomal protein S19-A
DH: Ribosomal protein S10
DI: 40S ribosomal protein S21
DJ: 40S ribosomal protein S22-A
DK: Ribosomal protein S23 (S12)
DL: 40S ribosomal protein S24
DM: 40S ribosomal protein S25
DN: 40S ribosomal protein S26
DO: 40S ribosomal protein S27
DP: 40S ribosomal protein S28-B
DQ: 40S ribosomal protein S29A
DR: 40S ribosomal protein S30
CL: 60S ribosomal protein CAALFM_C304810CA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,085,807590
ポリマ－3,061,77577
非ポリマー24,032513
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)297.300, 292.540, 442.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 8分子 1AS3AT4AUBCM

#1: RNA鎖 25S


分子量: 1085278.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: XR_002086444.1
#2: RNA鎖 5S


分子量: 38943.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: X16634.1
#3: RNA鎖 5.8S


分子量: 50683.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: OQ195134.1
#45: RNA鎖 18S


分子量: 575838.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: XR_002086442.1

+
60S ribosomal protein ... , 37種, 74分子 jAWkAXlAYnBAoBBpBCqBDrBEsBFtBGuBHvBIyBLzBM0BN...

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L2-B


分子量: 27366.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1X9
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 44040.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q59LS1
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4-B


分子量: 39282.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F4H4
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 19798.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q9P834
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A


分子量: 27446.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BVN2
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 28549.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C337
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L9-B


分子量: 21755.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C3N3
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L10


分子量: 25236.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q5AIB8
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L11-B


分子量: 19859.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1S5
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 23105.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F5V7
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L14-B


分子量: 14748.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F332
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A


分子量: 24389.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q5A6R1
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A


分子量: 20817.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C4Y1
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A


分子量: 21942.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PK40
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20376.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZJ3
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A


分子量: 18049.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1C8
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L22-B


分子量: 14107.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PM41
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A


分子量: 14494.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C444
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A


分子量: 17430.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C4U1
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L25


分子量: 15873.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F6A1
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15551.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q9P843
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 16703.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BVY8
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7135.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0G8
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 11520.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PM75
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L31-B


分子量: 12993.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1M1
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 14993.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: O94008
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A


分子量: 12138.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BW57
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L34-B


分子量: 13774.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F171
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / L39


分子量: 11096.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: P47834
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L37-B


分子量: 10102.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PF45
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8911.532 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PG16
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / L46


分子量: 6347.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q96W55
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L40-B


分子量: 6078.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PL68
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3396.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: P9WER7
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L42-B


分子量: 12259.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BR69
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A


分子量: 10136.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PP14
#79: タンパク質 60S ribosomal protein CAALFM_C304810CA


分子量: 29126.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PK71

-
タンパク質 , 3種, 4分子 mAZhAR

#7: タンパク質 Uncharacterized protein CaJ7.0206


分子量: 34557.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: G1UAA6
#77: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 fusion protein


分子量: 22615.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q5A109
#78: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein


分子量: 34593.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C3E7

-
Ribosomal protein ... , 10種, 20分子 wBJxBK9BTAICCECPFCQHCSLCWWDHZDK

#17: タンパク質 Ribosomal protein L13


分子量: 22685.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ56
#18: タンパク質 Ribosomal protein L22


分子量: 21002.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BUG0
#27: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 14215.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F3X2
#36: タンパク質 Ribosomal protein L29


分子量: 14118.759 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F6B7
#48: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 26917.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ90
#49: タンパク質 Ribosomal protein S3


分子量: 27313.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BYS1
#51: タンパク質 Ribosomal protein S7


分子量: 25319.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BS29
#55: タンパク質 Ribosomal protein S4


分子量: 21765.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1X2
#66: タンパク質 Ribosomal protein S10


分子量: 13366.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BYJ9
#69: タンパク質 Ribosomal protein S23 (S12)


分子量: 16000.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0V0

+
40S ribosomal protein ... , 25種, 50分子 CCNDCOGCRICTJCUKCVMCXNCYOCZPDAQDBRDCSDDTDEUDF...

#46: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 28759.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C395
#47: タンパク質 40S ribosomal protein S1


分子量: 29041.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C387
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29435.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PCI6
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27146.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ37
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21285.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C655
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 22801.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0S0
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A


分子量: 13836.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BWQ8
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S11A


分子量: 17638.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PN83
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15715.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C3A1
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 16976.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F4G0
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A


分子量: 14052.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0V4
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 15967.796 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PK22
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 15769.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: O94017
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S17-B


分子量: 15770.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BTR7
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S18-B


分子量: 17023.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F3Y8
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A


分子量: 16097.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C5L4
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9652.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q9P844
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A


分子量: 14807.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0N4
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15546.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C3K1
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 11633.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6EZQ8
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13606.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BTS1
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 8982.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BWE6
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S28-B


分子量: 7536.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C0A5
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S29A


分子量: 6615.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PTR4
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7127.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PSK2

-
非ポリマー , 4種, 1074分子

#80: 化合物 ChemComp-3K5 / 3-O-acetyl-2-O-(3-O-acetyl-6-deoxy-beta-D-glucopyranosyl)-6-deoxy-1-O-{[(2R,2'S,3a'R,4''S,5''R,6'S,7a'S)-5''-methyl-4''-{[(2E)-3-phenylprop-2-enoyl]oxy}decahydrodispiro[oxirane-2,3'-[1]benzofuran-2',2''-pyran]-6'-yl]carbonyl}-beta-D-glucopyranose / Phyllanthoside


分子量: 804.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O17
#81: 化合物...
ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E


分子量: 615.628 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#82: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1001 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#83: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, K - acetate, Bis-Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine, phyllanthoside

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→163 Å / Num. obs: 1631597 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 21.7 % / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.556 / Rpim(I) all: 0.2205 / Rrim(I) all: 0.599 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.9-2.953.28816920.0693.5261
2.95-33.169763330.0663.4061
3-3.053.026713300.0823.2521
3.05-3.12.883668380.0963.0991
3.1-3.152.719625830.1232.9241
3.15-3.22.557587970.1412.7511
3.2-3.252.38552170.1662.5621
3.25-3.32.233518830.192.4051
3.3-3.352.106487460.2282.2691
3.35-3.41.932459470.2552.0831
3.4-3.451.792432470.2871.9341
3.45-3.51.633406350.3311.7651
3.5-3.61.414735730.381.5361
3.6-3.81.1441274960.5551.2331
3.8-40.8741038950.7130.9381
4-70.365058530.9460.3881
7-100.128768750.9930.1381
10-500.055394560.9990.0591
50-1630.0362630.9980.0391

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc4_4035精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→163 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2833 1999 0.12 %
Rwork0.2573 --
obs0.2573 1631597 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数174348 219747 3385 0 397480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006425733
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12625020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.778149614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06178894
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00840639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.42611440.4068116509X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.050.42811420.3935116512X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.140.42411430.3771116521X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.240.38111430.3549116359X-RAY DIFFRACTION99
3.24-3.360.35251430.3358116475X-RAY DIFFRACTION99
3.36-3.490.31131420.3175116124X-RAY DIFFRACTION99
3.49-3.650.37271410.2974114430X-RAY DIFFRACTION98
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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