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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oi3 | ||||||
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タイトル | Structure of NopD with AtSUMO2 | ||||||
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![]() | HYDROLASE / SUMO protease / Complex / Plant SUMO2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() deNEDDylase activity / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / cysteine-type peptidase activity / protein tag activity / proteolysis / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reverter, D. / Li, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of NopD with AtSUMO2 著者: Reverter, D. / Li, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 314.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 259 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23497.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 10432.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SUMO2, SUM2, At5g55160, MCO15.11 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Imidazole 7.0, 50% v/v MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.499→49.522 Å / Num. obs: 76890 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.499→1.634 Å / Num. unique obs: 3844 / CC1/2: 0.497 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: alphafold model 解像度: 1.5→49.52 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.01 Å2 / Biso mean: 33.9565 Å2 / Biso min: 11.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→49.52 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 30.1267 Å / Origin y: 4.0871 Å / Origin z: 19.0783 Å
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精密化 TLSグループ |
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