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- PDB-8oi3: Structure of NopD with AtSUMO2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oi3
タイトルStructure of NopD with AtSUMO2
要素
  • Small ubiquitin-related modifier 2
  • Type III effector
キーワードHYDROLASE / SUMO protease / Complex / Plant SUMO2
機能・相同性
機能・相同性情報


deNEDDylase activity / protein deneddylation / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / cysteine-type peptidase activity / protein tag activity / proteolysis / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NEDD8-specific protease 1/2-like / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-amine / Type III effector / Small ubiquitin-related modifier 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium (根粒菌)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Reverter, D. / Li, Y.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities スペイン
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Broad-spectrum ubiquitin/ubiquitin-like deconjugation activity of the rhizobial effector NopD from Bradyrhizobium (sp. XS1150).
著者: Li, Y. / Perez-Gil, J. / Lois, L.M. / Varejao, N. / Reverter, D.
履歴
登録2023年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III effector
B: Type III effector
C: Small ubiquitin-related modifier 2
D: Small ubiquitin-related modifier 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9746
ポリマ－67,8604
非ポリマー1142
水5,495305
1
A: Type III effector
D: Small ubiquitin-related modifier 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9873
ポリマ－33,9302
非ポリマー571
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area12200 Å2
2
B: Type III effector
C: Small ubiquitin-related modifier 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9873
ポリマ－33,9302
非ポリマー571
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.851, 86.826, 90.485
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Type III effector


分子量: 23497.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium (根粒菌) / 遺伝子: nopD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U9K2V6
#2: タンパク質 Small ubiquitin-related modifier 2 / AtSUMO2


分子量: 10432.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SUMO2, SUM2, At5g55160, MCO15.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FLP6
#3: 化合物 ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン


分子量: 57.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Imidazole 7.0, 50% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.499→49.522 Å / Num. obs: 76890 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.499→1.634 Å / Num. unique obs: 3844 / CC1/2: 0.497

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alphafold model

解像度: 1.5→49.52 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2042 3911 5.09 %
Rwork0.1784 72964 -
obs0.1797 76875 74.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.01 Å2 / Biso mean: 33.9565 Å2 / Biso min: 11.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→49.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4184 0 22 305 4511
Biso mean--20.41 38.35 -
残基数----520
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.520.3649120.29891271394
1.52-1.540.3384110.3282102216
1.54-1.560.3355150.316736237710
1.56-1.580.3395230.290549451714
1.58-1.60.2943430.281574678922
1.6-1.620.368670.26881173124034
1.62-1.650.3177720.26151601167346
1.65-1.680.35931210.26142026214759
1.68-1.710.28741450.25072426257171
1.71-1.740.26371220.24942674279677
1.74-1.770.28431220.24412806292881
1.77-1.810.28371490.23042937308685
1.81-1.850.22541500.21693083323388
1.85-1.890.241780.21163250342894
1.89-1.940.26042060.20093383358999
1.94-1.990.20811770.191134763653100
1.99-2.050.22021860.186134603646100
2.05-2.110.19071930.178334563649100
2.11-2.190.19451830.177234863669100
2.19-2.280.17882050.170534583663100
2.28-2.380.20812150.162434733688100
2.38-2.50.21042210.160934393660100
2.5-2.660.17452320.164234553687100
2.66-2.870.19261820.168635123694100
2.87-3.160.191630.162335403703100
3.16-3.610.16931650.157335703735100
3.61-4.550.17681410.155536283769100
4.55-49.520.21272120.194337133925100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.1267 Å / Origin y: 4.0871 Å / Origin z: 19.0783 Å
111213212223313233
T0.1723 Å2-0.0165 Å2-0.0099 Å2-0.1508 Å2-0.0564 Å2--0.1544 Å2
L1.787 °2-0.3232 °2-0.1999 °2--0.0343 °2-0.0846 °2---0.0769 °2
S0.0174 Å °-0.0345 Å °0.0066 Å °0.0048 Å °-0.0104 Å °0.0072 Å °0.0142 Å °0.0023 Å °-0.0097 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA829 - 1011
2X-RAY DIFFRACTION1allB829 - 1011
3X-RAY DIFFRACTION1allC15 - 92
4X-RAY DIFFRACTION1allD15 - 92
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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