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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oi2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Alb1 megabody in complex with human serum albumin | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / nanobody (ナノボディ) / megabody / albumin (アルブミン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Helicobacter pylori G27 (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | De Felice, S. / Zoia, G. / Romanyuk, Z. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Angelini, A. / Cendron, L. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024 タイトル: Crystal structure of human serum albumin in complex with megabody reveals unique human and murine cross-reactive binding site. 著者: De Felice, S. / Romanyuk, Z. / Chinellato, M. / Zoia, G. / Linciano, S. / Kumada, Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Angelini, A. / Cendron, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8oi2.cif.gz | 410.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8oi2.ent.gz | 338.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8oi2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oi2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oi2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66214.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768 |
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#2: 抗体 | 分子量: 54808.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Helicobacter pylori G27 (ピロリ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: rod shape |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.03M Sodium fluoride, 0.03M sodium bromide, 0.03M sodium iodide, 0.1M Tris BICINE pH 8.5, 12% v/v ethylene glycol, 6% w/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.25→34.27 Å / Num. obs: 43671 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.53 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.937 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4847 / CC1/2: 0.48 / Rpim(I) all: 0.932 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→33.86 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→33.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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