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- PDB-8oi2: Crystal structure of Alb1 megabody in complex with human serum albumin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oi2
タイトルCrystal structure of Alb1 megabody in complex with human serum albumin
要素
  • Alb1 Megabody
  • Albumin
キーワードIMMUNE SYSTEM / nanobody / megabody / albumin
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Helicobacter pylori G27 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者De Felice, S. / Zoia, G. / Romanyuk, Z. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Angelini, A. / Cendron, L.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of Education イタリア
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of human serum albumin in complex with megabody reveals unique human and murine cross-reactive binding site.
著者: De Felice, S. / Romanyuk, Z. / Chinellato, M. / Zoia, G. / Linciano, S. / Kumada, Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Angelini, A. / Cendron, L.
履歴
登録2023年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albumin
B: Alb1 Megabody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,0232
ポリマ－121,0232
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area48660 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)370.359, 73.819, 66.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Albumin


分子量: 66214.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768
#2: 抗体 Alb1 Megabody


分子量: 54808.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori G27 (ピロリ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: rod shape
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.03M Sodium fluoride, 0.03M sodium bromide, 0.03M sodium iodide, 0.1M Tris BICINE pH 8.5, 12% v/v ethylene glycol, 6% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→34.27 Å / Num. obs: 43671 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.3→3.53 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.937 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4847 / CC1/2: 0.48 / Rpim(I) all: 0.932 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
AutoProcessデータ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→33.86 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2767 2177 4.99 %RANDOM
Rwork0.2255 ---
obs0.2279 43671 83.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→33.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7680 0 0 0 7680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9391038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.370.46351660.40812483X-RAY DIFFRACTION82
3.37-3.450.40911720.39872620X-RAY DIFFRACTION85
3.45-3.540.38261770.36852557X-RAY DIFFRACTION84
3.54-3.630.38081270.33112687X-RAY DIFFRACTION86
3.63-3.740.35721480.28712632X-RAY DIFFRACTION86
3.74-3.860.35891390.26232739X-RAY DIFFRACTION87
3.86-40.24951230.22752666X-RAY DIFFRACTION86
4-4.160.25711220.22522713X-RAY DIFFRACTION86
4.16-4.350.22621380.20652627X-RAY DIFFRACTION85
4.35-4.570.26711490.19352556X-RAY DIFFRACTION83
4.57-4.860.23531110.17932515X-RAY DIFFRACTION81
4.86-5.230.23791180.21012597X-RAY DIFFRACTION82
5.23-5.760.32151230.25342570X-RAY DIFFRACTION83
5.76-6.580.3293910.28362627X-RAY DIFFRACTION83
6.59-8.270.32761440.24122474X-RAY DIFFRACTION80
8.28-33.860.22451290.18022431X-RAY DIFFRACTION79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.65391.7707-0.45812.20970.54652.47650.36180.9846-0.4573-0.41610.0010.5437-0.242-1.1776-0.47911.23380.2755-0.20851.7163-0.08851.494426.6725-16.24674.0806
23.743-2.35654.40722.9855-4.22617.3762-0.0698-0.39670.01650.2074-0.0777-0.1034-0.2086-0.00740.18991.2322-0.04920.10531.0731-0.16851.168293.4245-23.087952.0314
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 6:583)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:507)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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