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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oh6 | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Candida albicans 80S ribosome in complex with Paromomycin (500umol) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Candida albicans / paromomycin | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 yeast-form cell wall / hyphal cell wall / triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / pre-mRNA 5'-splice site binding / telomeric DNA binding / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / translational elongation ...yeast-form cell wall / hyphal cell wall / triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / pre-mRNA 5'-splice site binding / telomeric DNA binding / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / translational elongation / TOR signaling / protein-RNA complex assembly / ribosomal subunit export from nucleus / translation regulator activity / translation repressor activity / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA / telomere maintenance / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / RNA binding / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Candida albicans (酵母) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Kolosova, O. / Zgadzay, Y. / Yusupov, M. | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, ロシア, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Drug-induced rotational movement of the ribosome is a key factor for read-through enhancement 著者: Kolosova, O. / Zgadzay, Y. / Yusupov, M. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8oh6.cif.gz | 9.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8oh6.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8oh6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8oh6_validation.pdf.gz | 8.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8oh6_full_validation.pdf.gz | 9.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8oh6_validation.xml.gz | 1 MB | 表示 | |
CIF形式データ | 8oh6_validation.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8oh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8oh6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 8分子 1AS3AT4AUBCM
#1: RNA鎖 | 分子量: 1085278.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: XR_002086444.1 #2: RNA鎖 | 分子量: 38943.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: X16634.1 #3: RNA鎖 | 分子量: 50683.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: OQ195134.1 #46: RNA鎖 | 分子量: 575838.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: XR_002086442.1 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: XR_002086442.1 |
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+60S ribosomal protein ... , 38種, 75分子 jAWkAXlAYnBAoBBpBCqBDrBEsBFtBGuBHvBIyBLzBM0BN...
-タンパク質 , 4種, 7分子 mAZhDSARDTl1
#7: タンパク質 | 分子量: 34557.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: G1UAA6 #78: タンパク質 | 分子量: 22615.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q5A109 #79: タンパク質 | 分子量: 34593.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C3E7 #80: タンパク質 | | 分子量: 24416.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F4E7 |
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-Ribosomal protein ... , 10種, 20分子 wBJxBK9BTAICCECPFCQHCSLCWWDHZDK
#17: タンパク質 | 分子量: 22685.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ56 #18: タンパク質 | 分子量: 21002.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BUG0 #27: タンパク質 | 分子量: 14215.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F3X2 #36: タンパク質 | 分子量: 14118.759 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F6B7 #49: タンパク質 | 分子量: 26917.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ90 #50: タンパク質 | 分子量: 27313.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BYS1 #52: タンパク質 | 分子量: 25319.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BS29 #56: タンパク質 | 分子量: 21765.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1X2 #67: タンパク質 | 分子量: 13366.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BYJ9 #70: タンパク質 | 分子量: 16000.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0V0 |
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+40S ribosomal protein ... , 25種, 50分子 CCNDCOGCRICTJCUKCVMCXNCYOCZPDAQDBRDCSDDTDEUDF...
-非ポリマー , 4種, 1429分子
#82: 化合物 | ChemComp-MG / #83: 化合物 | ChemComp-PAR / #84: 化合物 | #85: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.61 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, K - acetate, Bis-Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine, phyllanthoside |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.1→175.3 Å / Num. obs: 1341596 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 49.61 Å2 / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 1.155 / Rpim(I) all: 0.3124 / Rrim(I) all: 1.197 / Net I/σ(I): 2.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.35→175.26 Å / SU ML: 0.87 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.35→175.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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