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万見
- PDB-8ogi: Structure of native human eosinophil peroxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ogi
タイトルStructure of native human eosinophil peroxidase
要素(Eosinophil peroxidase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / hydrogen peroxide-dependent heme peroxidase immune system eosinophiles
機能・相同性
機能・相同性情報


eosinophil migration / defense response to nematode / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of macrophage cytokine production / lactoperoxidase activity / ペルオキシダーゼ / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of interleukin-4 production / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity ...eosinophil migration / defense response to nematode / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of macrophage cytokine production / lactoperoxidase activity / ペルオキシダーゼ / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of interleukin-4 production / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / secretory granule lumen / response to oxidative stress / defense response to bacterium / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / クエン酸 / HEME B/C / Eosinophil peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.547 Å
データ登録者Pfanzagl, V. / Obinger, C.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP33997 オーストリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Posttranslational modification and heme cavity architecture of human eosinophil peroxidase-insights from first crystal structure and biochemical characterization.
著者: Pfanzagl, V. / Gruber-Grunwald, C. / Leitgeb, U. / Furtmuller, P.G. / Obinger, C.
履歴
登録2023年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eosinophil peroxidase light chain
B: Eosinophil peroxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,45124
ポリマ－65,5282
非ポリマー2,92322
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17970 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area22150 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.123, 85.562, 139.395
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Eosinophil peroxidase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Eosinophil peroxidase light chain


分子量: 12025.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11678
#2: タンパク質 Eosinophil peroxidase heavy chain


分子量: 53501.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11678

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 8種, 492分子

#4: 化合物 ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸


分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#11: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Trisodium Citrate, pH 4.1, 20 % (w/V) PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.547→42.937 Å / Num. obs: 92624 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.09 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 0.996 / CC1/2 anomalous: -0.363 / Rmerge(I) obs: 0.1103 / Rpim(I) all: 0.0378 / Rrim(I) all: 0.1169 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.648 / Net I/σ(I): 9.94 / Num. measured all: 842329 / % possible anomalous: 99 / Redundancy anomalous: 4.76
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalousRedundancy anomalous% possible all
4.199-42.9378.720.061528.214355043550499349930.996-0.4640.02170.06540.5311004.9100
3.333-4.1999.580.062827.854393543935458545850.993-0.4660.02110.06640.52395.75.1495.9
2.912-3.3339.380.073623.44447344473474047400.997-0.3630.02470.07780.631004.99100
2.646-2.9128.890.085619.234184241842470647060.996-0.2330.02950.09070.6541004.69100
2.456-2.6469.40.097817.014406644066468646860.995-0.2020.03270.10330.6691004.94100
2.311-2.4569.630.116814.84501745017467346730.993-0.2350.03860.12330.6811005.04100
2.195-2.3119.720.140712.784541845418467546750.991-0.1670.04640.14840.6811005.07100
2.1-2.1959.760.176210.454535445354464746470.988-0.1510.0580.18580.6841005.08100
2.019-2.19.140.21458.64271042710467146710.984-0.0930.07330.22710.7021004.76100
1.949-2.0198.910.27056.814130541305463746370.97-0.0720.09390.28690.68599.94.63100
1.888-1.9499.230.34655.494271142711462846280.958-0.0590.11830.36680.69299.94.8100
1.834-1.8889.450.41054.524385143851463946390.941-0.0370.13860.43420.6761004.9100
1.786-1.8349.570.49623.754450244502465146510.92-0.0380.16650.52440.66499.94.96100
1.743-1.7869.630.60833.054440144401461346130.88-0.0480.2040.64290.63899.94.9999.9
1.703-1.7439.670.72832.584460244602461446140.846-0.0260.24410.76960.6431005100
1.667-1.7039.670.89092.14468944689462146210.778-0.0310.29870.94160.6421004.99100
1.633-1.6679.131.07561.674239842398464246420.691-0.0320.37181.1410.6351004.72100
1.603-1.6338.161.26591.323736037360457845780.557-0.0050.46581.3540.63999.94.21100
1.574-1.6037.371.49261.063302633026448444840.438-0.0350.5791.60830.62396.83.897
1.547-1.5746.551.69430.862711927119414141410.377-0.0050.69791.84190.64188.53.489.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5 20221121data processing
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
TRUNCATE8.0.006data processing
BUSTER2.10.4精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.547→22.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU R Cruickshank DPI: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Blow DPI: 0.071 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.069
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1854 4700 -RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.1746 92291 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1713 Å20 Å20 Å2
2--3.6272 Å20 Å2
3----4.7985 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.547→22.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4607 0 191 472 5270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019969HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9717934HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3050SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1632HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5047HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion618SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9977SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.58
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.56 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3835 110 -
Rwork0.3352 --
obs0.3381 1846 80.93 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5605-0.09610.1410.2981-0.08870.2125-0.02550.0247-0.02310.0247-0.0004-0.0154-0.0231-0.01540.0259-0.0118-0.0005-0.0062-0.0274-0.0018-0.00639.0541-0.4608-18.3719
20.64680.00920.1570.2553-0.0560.2646-0.0165-0.0193-0.0172-0.01930.0050.0258-0.01720.02580.0115-0.0091-0.00040.0042-0.04510.0053-0.00086.786-4.1694-29.4208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|* }B251 - 715
2X-RAY DIFFRACTION1{ B|* }B1000 - 4017
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|* }A140 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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