PDB-8ofo: Structure of Enterococcus faecium CdaA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ofo

タイトル

Structure of Enterococcus faecium CdaA

要素

Diadenylate cyclase

キーワード

TRANSFERASE / Diadenylate cyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / nucleotidyltransferase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Garbers, T.B. / Neumann, P. / Ficner, R.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Enterococcus faecium CdaA
著者: Garbers, T.B. / Neumann, P. / Ficner, R.

履歴

登録	2023年3月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ofo.cif.gz	72 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ofo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ofo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ofo_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ofo_full_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示
XML形式データ	8ofo_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	8ofo_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Diadenylate cyclase

BBB: Diadenylate cyclase

ヘテロ分子

33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.160, 99.160, 112.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Diadenylate cyclase 分子量: 16538.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: dacA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A855P6J0
#2: 化合物	ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル分子量: 162.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₃
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.5 M Lithium sulfate 0.05 M TRIS pH 8.5 5 % (v/v) Glycerol 0.005 M Magnesium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976264 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976264 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 12518 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.379 / R_rim(I) all: 0.385 / Net I/σ(I): 17.4

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.45-2.51	3.429	884	0.792	3.473	1
2.51-2.58	2.987	889	0.855	3.027	1
2.58-2.66	2.577	851	0.92	2.611	1
2.66-2.74	2.152	840	0.966	2.18	1
2.74-2.83	1.779	802	0.978	1.803	1
2.83-2.93	1.718	785	0.985	1.741	1
2.93-3.04	1.291	754	0.994	1.309	1
3.04-3.16	1.029	732	0.994	1.043	1
3.16-3.3	0.933	705	0.997	0.945	1
3.3-3.46	0.746	672	0.997	0.756	1
3.46-3.65	0.518	658	0.997	0.525	1
3.65-3.87	0.355	603	0.998	0.36	1
3.87-4.14	0.296	590	0.998	0.3	1
4.14-4.47	0.193	533	0.998	0.196	1
4.47-4.9	0.15	505	0.998	0.152	1
4.9-5.48	0.172	468	0.999	0.175	1
5.48-6.33	0.147	411	0.998	0.149	1
6.33-7.75	0.11	358	0.999	0.112	1
7.75-10.96	0.081	295	0.999	0.083	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→49.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 9.028 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.467 / ESU R Free: 0.3 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2743	626	5.002 %
R_work	0.2053	11890	-
all	0.209	-	-
obs	-	12516	99.952 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.996 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.246 Å²	-0.123 Å²	0 Å²
2-	-	-0.246 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2285	0	11	0	2296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2312
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.631	1.632	3127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.254	1.572	5304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.907	5	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.959	23.585	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.25	15	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.273	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	449
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.312	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.987	5.556	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.987	5.554	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.637	8.342	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.634	8.344	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.405	6.417	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.402	6.42	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.296	9.298	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.293	9.3	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.931	109.279	9404
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.93	109.28	9405

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.45-2.514	0.369	44	0.281	838	0.285	882	0.783	0.834	100	0.258
2.514-2.582	0.457	44	0.262	841	0.271	885	0.772	0.858	100	0.23
2.582-2.657	0.281	43	0.234	810	0.237	853	0.885	0.892	100	0.204
2.657-2.738	0.301	41	0.22	792	0.224	834	0.904	0.918	99.8801	0.19
2.738-2.828	0.229	41	0.199	765	0.201	806	0.927	0.939	100	0.177
2.828-2.927	0.366	39	0.201	741	0.208	780	0.867	0.934	100	0.177
2.927-3.037	0.281	37	0.184	713	0.188	750	0.921	0.945	100	0.164
3.037-3.16	0.231	37	0.183	696	0.185	733	0.922	0.944	100	0.167
3.16-3.3	0.235	35	0.19	669	0.192	704	0.94	0.942	100	0.171
3.3-3.461	0.214	34	0.213	638	0.213	672	0.942	0.933	100	0.203
3.461-3.647	0.291	32	0.199	615	0.204	648	0.918	0.94	99.8457	0.191
3.647-3.867	0.256	31	0.169	584	0.174	615	0.915	0.956	100	0.168
3.867-4.132	0.304	29	0.179	549	0.184	578	0.912	0.953	100	0.178
4.132-4.461	0.188	27	0.164	516	0.165	543	0.959	0.962	100	0.172
4.461-4.882	0.279	25	0.16	480	0.166	506	0.94	0.968	99.8024	0.171
4.882-5.452	0.333	23	0.192	436	0.199	459	0.934	0.96	100	0.192
5.452-6.283	0.304	21	0.248	400	0.25	421	0.901	0.93	100	0.254
6.283-7.664	0.302	18	0.244	345	0.247	363	0.901	0.907	100	0.248
7.664-10.711	0.195	15	0.235	276	0.233	291	0.951	0.932	100	0.252
10.711-49.58	0.308	10	0.327	187	0.326	197	0.917	0.911	100	0.374

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)