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- PDB-8ofn: Structure of the yellow fever virus (Asibi strain) dimeric envelo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ofn
タイトルStructure of the yellow fever virus (Asibi strain) dimeric envelope protein
要素Envelope glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / YELLOW FEVER ENVELOPE PROTEIN / ASIBI STRAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily ...Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Covernton, E. / Vaney, M.C. / Barba-Spaeth, G. / Rey, F.A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Pasteur Institute フランス
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: New insight into flavivirus maturation from structure/function studies of the yellow fever virus envelope protein complex.
著者: Crampon, E. / Covernton, E. / Vaney, M.C. / Dellarole, M. / Sommer, S. / Sharma, A. / Haouz, A. / England, P. / Lepault, J. / Duquerroy, S. / Rey, F.A. / Barba-Spaeth, G.
履歴
登録2023年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3558
ポリマ－92,7782
非ポリマー5766
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: The biological assembly is the dimeric envelope E protein as it is on the virus. The final structure showed two independent molecules in the crystal asymmetric unit, generating the classical ...根拠: The biological assembly is the dimeric envelope E protein as it is on the virus. The final structure showed two independent molecules in the crystal asymmetric unit, generating the classical head-to tail sE dimer through a 2-fold crystallographic symmetry axis.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area38660 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)92.540, 92.540, 308.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein


分子量: 46389.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The E protein sequence contains residues from 1 to 392. After the last residue E392 of the protein seen in density, there are residues : G is a linker LVPRGS is the sequence of the thrombin ...詳細: The E protein sequence contains residues from 1 to 392. After the last residue E392 of the protein seen in density, there are residues : G is a linker LVPRGS is the sequence of the thrombin cleavage site SAWSHPQFEKGGSGGGSGGSAWSHPQFEK is the double-strep-tag
由来: (組換発現) Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
株: ASIBI / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: D0VF48
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.26M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日
放射モノクロメーター: channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.48→46.3 Å / Num. obs: 17868 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 15.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 3.48→3.81 Å / Rmerge(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 568 / CC1/2: 0.66 / Rpim(I) all: 0.6 / Rrim(I) all: 2.28

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.48→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.786
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 983 8.46 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.256 11613 64.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 169.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1469 Å20 Å20 Å2
2---3.1469 Å20 Å2
3---6.2939 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.7 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.48→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5934 0 30 0 5964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0066086HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.868268HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2080SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes154HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes872HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6086HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion818SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6468SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.48→3.81 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3896 -6.48 %
Rwork0.2909 664 -
all0.2975 710 -
obs--16.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.17590.18572.91045.8385-0.39265.30820.0150.184-0.5442-0.54420.03860.54420.46340.3815-0.05360.177-0.152-0.152-0.25970.152-0.042-5.6887-8.9906-35.1279
21.1430.09632.91048.3154-1.50541.47110.13340.1541-0.348-0.0295-0.30120.19310.1214-0.01670.16780.304-0.152-0.152-0.02320.152-0.304-22.417829.2567-59.2993
38.3154-2.47552.08968.3154-2.91048.3155-0.2190.5442-0.5442-0.26550.1446-0.5442-0.00930.54420.0744-0.3037-0.05070.01340.02090.152-0.059912.9086-12.6329-16.4574
42.0965-0.15642.91048.31540.00055.35340.04110.16540.4269-0.3632-0.50310.4165-0.37910.54420.4620.20560.152-0.152-0.29720.152-0.1525-19.51824.5059-21.2305
52.96812.91042.91047.96981.92110.8207-0.1530.4330.29270.2655-0.06930.5442-0.2289-0.20440.22230.28770.152-0.152-0.0589-0.152-0.2853-44.0606-13.5379-38.7402
66.22712.9092.6748.3127-2.28388.31550.0659-0.45670.54420.0541-0.1958-0.5442-0.54420.54420.12990.3040.0218-0.152-0.3040.152-0.2033-0.784727.2941-2.4107
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1-53 }A1 - 53
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|132-187 }A132 - 187
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|269-296 }A296
4X-RAY DIFFRACTION2{ A|54-131 }A54 - 131
5X-RAY DIFFRACTION2{ A|188-268 }A188 - 268
6X-RAY DIFFRACTION3{ A|297-392 }A297 - 392
7X-RAY DIFFRACTION4{ B|1-53 }B1 - 53
8X-RAY DIFFRACTION4{ B|132-187 }B132 - 187
9X-RAY DIFFRACTION4{ B|269-296 }B269 - 296
10X-RAY DIFFRACTION5{ B|54-131 }B54 - 131
11X-RAY DIFFRACTION5{ B|188-268 }B188 - 268
12X-RAY DIFFRACTION6{ B|297-392 }B297 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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