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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ofg | ||||||
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タイトル | Streptococcus pneumoniae CdaA in complex with c-di-amp | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / diadenylate cyclase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Garbers, T.B. / Neumann, P. / Ficner, R. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Streptococcus pneumoniae CdaA in complex with c-di-amp 著者: Garbers, T.B. / Neumann, P. / Ficner, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ofg.cif.gz | 91.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ofg.ent.gz | 55 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ofg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ofg_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ofg_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ofg_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ofg_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20121.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: dacA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DP14 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 960.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-AMP / | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris/HCl pH 8.5 4.5 M NaCl / PH範囲: 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9677 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 17076 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 57.32 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.264 / Rrim(I) all: 0.271 / Net I/σ(I): 8.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→43.28 Å / SU ML: 0.334 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.1861 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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