PDB-8ofe: E.coli Peptide Deformylase with bound inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ofe

タイトル

E.coli Peptide Deformylase with bound inhibitor

要素

Peptide deformylase

キーワード

HYDROLASE / Peptide Deformylase (EC 3.5.1.88) / Inhibitor

機能・相同性

peptide deformylase / peptide deformylase activity / Peptide deformylase / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / translation / metal ion binding / Chem-VLK / Peptide deformylase

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Kirschner, H. / Stoll, R. / Hofmann, E.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into Antibacterial Payload Release from Gold Nanoparticles Bound to E. coli Peptide Deformylase.
著者: Kirschner, H. / John, M. / Zhou, T. / Bachmann, N. / Schultz, A. / Hofmann, E. / Bandow, J.E. / Scherkenbeck, J. / Metzler-Nolte, N. / Stoll, R.

履歴

登録	2023年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年4月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ofe.cif.gz	138.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ofe.ent.gz	90.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ofe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ofe_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ofe_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8ofe_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	8ofe_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptide deformylase

ヘテロ分子

20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.620, 54.620, 231.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	Peptide deformylase 分子量: 19552.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: def / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SRA2
#2: 化合物	ChemComp-VLK / (2R)-2-[[methanoyl(oxidanyl)amino]methyl]-N-[(2S)-3-methyl-1-oxidanylidene-1-[2-(sulfanylmethyl)pyrrolidin-1-yl]butan-2-yl]heptanamide 分子量: 401.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₅N₃O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.17M Ammonium sulfate, 15% Glycerol, 25.5% PEG4000, 50mM Hepes pH7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.91978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→47.3 Å / Num. obs: 76134 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 63.462 % / B_iso Wilson estimate: 29.895 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 20.75
反射シェル	解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 62.6145 % / R_merge(I) obs: 3.83 / Mean I/σ(I) obs: 0.59 / Num. unique obs: 5626 / CC_1/2: 0.61 / R_rim(I) all: 3.86 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	VERSION Jan 10, 2022 BUILT=20220120	データ削減
XSCALE	VERSION Jan 10, 2022 BUILT=20220120	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→43.79 Å / SU ML: 0.1847 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.9594
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2042	3794	5.01 %
R_work	0.1713	71872	-
obs	0.1729	75666	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→43.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1315	0	22	113	1450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0128	1377
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1907	1857
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0852	214
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0093	247
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5362	557

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.5909	116	0.4767	2262	X-RAY DIFFRACTION	85.66
1.42-1.44	0.4031	138	0.3354	2666	X-RAY DIFFRACTION	97.97
1.44-1.46	0.3344	137	0.2579	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.46-1.48	0.2751	148	0.2345	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.48-1.5	0.2559	138	0.224	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.5-1.52	0.2286	149	0.2207	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.52-1.55	0.2213	140	0.2138	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.55-1.57	0.2795	143	0.2191	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.57-1.6	0.2936	147	0.1923	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.6-1.63	0.2278	140	0.1863	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.63-1.67	0.2239	143	0.1701	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.7	0.2014	142	0.1628	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.19	138	0.1581	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.74-1.79	0.2106	139	0.1503	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.2348	141	0.1498	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.83-1.89	0.2151	138	0.1448	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.95	0.2012	143	0.1569	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.02	0.1739	137	0.1477	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1	0.1779	143	0.1411	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.2	0.1552	140	0.1317	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.31	0.1835	143	0.145	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.46	0.1958	147	0.1459	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.65	0.1843	138	0.1658	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.91	0.2166	143	0.1726	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.33	0.187	139	0.1751	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-4.2	0.2215	146	0.169	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-43.79	0.1944	138	0.1943	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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