PDB-8ofd: Crystal structure of beta-conglutin from Lupinus albus refined to...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ofd

タイトル

Crystal structure of beta-conglutin from Lupinus albus refined to 2.81 A

要素

Conglutin beta 1

キーワード

ALLERGEN / beta-conglutin / Lup an 1 / seed storage protein

機能・相同性

機能・相同性情報

nutrient reservoir activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Lupinus albus (マメ科)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.81 Å

データ登録者

Dolot, R.M. / O'Sullivan, C.K. / Jauset-Rubio, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: First crystal structure of beta-conglutin, a major lupin allergen from Lupinus albus seeds
著者: Dolot, R.M. / O'Sullivan, C.K. / Jauset-Rubio, M.

履歴

登録	2023年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ofd.cif.gz	102.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ofd.ent.gz	74.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ofd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ofd_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ofd_full_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示
XML形式データ	8ofd_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	8ofd_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8ofd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conglutin beta 1

ヘテロ分子

49.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Conglutin beta 1

ヘテロ分子

A: Conglutin beta 1

ヘテロ分子

A: Conglutin beta 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
147 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.630, 166.630, 40.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-602- NA

#1: タンパク質	Conglutin beta 1 / Protein Lup-1 分子量: 49029.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: 1-30 - signal protein (not present) 31-108 - propeptide (not present) 109-531 - conglutin beta 1. Residues 408-415 and 518-531 not included. Residue 176 changed from L to I based on experimental data. 由来: (天然) Lupinus albus (マメ科) / 参照: UniProt: Q53HY0
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.68 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 40% (v/v) Tacsimate pH 7.0, 50 mM HEPES pH 7.0, 2 mM Spermine, and 2 mM Hexaamine cobalt (III)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.81→21.77 Å / Num. obs: 15700 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 55 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.182 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.81→2.96 Å / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 1.001 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2263 / CC_1/2: 0.657 / R_pim(I) all: 0.366 / R_rim(I) all: 1.067 / Χ²: 0.92 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
CrysalisPro	1.171.41.100	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.81→21.767 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.844 / WR_factor R_free: 0.258 / WR_factor R_work: 0.192 / SU B: 14.27 / SU ML: 0.303 / Average fsc free: 0.9384 / Average fsc work: 0.9696 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2772	774	4.934 %
R_work	0.204	14912	-
all	0.208	-	-
obs	-	15686	99.771 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.202 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.895 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.895 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.81→21.767 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3281	0	6	82	3369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	3367
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.317	1.657	4553
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.439	1.57	7195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.748	5	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.377	5	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.804	10	586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.932	10	199
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	3373
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.25	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.159	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.955	6.211	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.941	6.212	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.673	11.142	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.672	11.144	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.08	6.659	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.079	6.658	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.904	12.003	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.903	12.002	2539
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.238	73.026	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.243	73.087	3883

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.81-2.882	0.442	57	0.243	1077	X-RAY DIFFRACTION	99.561
2.882-2.959	0.333	78	0.231	1009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.959-3.043	0.412	45	0.218	1037	X-RAY DIFFRACTION	99.9077
3.043-3.135	0.265	40	0.227	1017	X-RAY DIFFRACTION	99.9055
3.135-3.236	0.327	51	0.212	945	X-RAY DIFFRACTION	100
3.236-3.347	0.29	51	0.187	963	X-RAY DIFFRACTION	99.9015
3.347-3.47	0.271	42	0.197	879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.608	0.256	44	0.208	899	X-RAY DIFFRACTION	100
3.608-3.763	0.236	38	0.196	820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.763-3.941	0.314	44	0.199	817	X-RAY DIFFRACTION	99.884
3.941-4.147	0.262	50	0.195	745	X-RAY DIFFRACTION	100
4.147-4.388	0.266	35	0.176	742	X-RAY DIFFRACTION	100
4.388-4.678	0.218	46	0.161	669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.678-5.033	0.233	24	0.181	679	X-RAY DIFFRACTION	100
5.033-5.485	0.206	37	0.199	562	X-RAY DIFFRACTION	100
5.485-6.084	0.229	15	0.229	570	X-RAY DIFFRACTION	100
6.084-6.935	0.321	32	0.228	483	X-RAY DIFFRACTION	100
6.935-8.286	0.319	14	0.223	437	X-RAY DIFFRACTION	99.3392
8.286-10.952	0.249	13	0.221	342	X-RAY DIFFRACTION	99.162
10.952-21.767	0.346	18	0.311	220	X-RAY DIFFRACTION	91.8919

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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