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- PDB-8of7: Cyc15 Diels Alderase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8of7
タイトルCyc15 Diels Alderase
要素Rhs family protein
キーワードLIGASE / Diels Alderase / cyclase / dimer
機能・相同性Allene oxide cyclase barrel-like domain / Allene oxide cyclase barrel like domain / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity / GLYCINE / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SERINE / Rhs family protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. NL15-2K (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Back, C.R. / Barringer, R.W.L. / Zorn, K. / Manzo-Ruiz, M. / Race, P.R.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T001968/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T008741/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L01386X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M012107/1 英国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: Interrogation of an Enzyme Library Reveals the Catalytic Plasticity of Naturally Evolved [4+2] Cyclases.
著者: Zorn, K. / Back, C.R. / Barringer, R. / Chadimova, V. / Manzo-Ruiz, M. / Mbatha, S.Z. / Mobarec, J.C. / Williams, S.E. / van der Kamp, M.W. / Race, P.R. / Willis, C.L. / Hayes, M.A.
履歴
登録2023年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhs family protein
B: Rhs family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,68023
ポリマ－34,1362
非ポリマー1,54421
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The protein forms a dimer in solution, and during purification elutes from a size exclusion column as a dimer only.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.140, 65.140, 180.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Rhs family protein


分子量: 17068.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. NL15-2K (バクテリア)
遺伝子: SNL152K_10620 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401MXE6

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非ポリマー , 7種, 103分子

#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#6: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM glutamate monohydrate, 100 mM DL-alanine, 100 mM glycine, 100 mM DL-lysine monohydrochloride, 100 mM DL-serine, 100 mM imidazole, 100 mM MES monohydrate (acid), 20 % (v/v) ethylene ...詳細: 100 mM glutamate monohydrate, 100 mM DL-alanine, 100 mM glycine, 100 mM DL-lysine monohydrochloride, 100 mM DL-serine, 100 mM imidazole, 100 mM MES monohydrate (acid), 20 % (v/v) ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→46.1 Å / Num. obs: 46918 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 77.2 % / CC1/2: 0.9996 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / Num. unique obs: 2267 / CC1/2: 0.299 / % possible all: 99.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.66→46.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 6.316 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21497 2349 5 %RANDOM
Rwork0.18737 ---
obs0.18877 44470 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.267 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.22 Å20 Å2-0 Å2
2--3.22 Å2-0 Å2
3----6.45 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.66→46.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2016 0 102 82 2200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0122134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.6552845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5361.5784724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1195253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.714514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.08410362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8954.0141045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8874.011044
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2427.1181287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.247.1191288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7724.8441089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7564.8441089
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.1368.4851559
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.58342.282228
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.58942.262226
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.507 161 -
Rwork0.506 3221 -
obs--99.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2101-0.18390.48180.8593-0.15772.9799-0.0820.01990.1545-0.01790.0345-0.0427-0.263-0.05050.04750.0335-0.0068-0.02060.01320.01650.187-27.7933-15.1197-10.2128
21.8379-0.39510.51782.8132-0.02752.6848-0.02160.3275-0.3678-0.2049-0.02220.26110.4769-0.30380.04380.1255-0.0958-0.03420.1305-0.0440.2767-32.4043-32.5645-21.3642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 3905
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 2301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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