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万見
- PDB-8of5: Crystal structure of Aurora A 122-403 C290A, N332A, Q335A, C393A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8of5
タイトルCrystal structure of Aurora A 122-403 C290A, N332A, Q335A, C393A bound to ADP
要素Aurora kinase A
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Autophosphorylation / Redox
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / meiotic spindle / mitotic centrosome separation / germinal vesicle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / AURKA Activation by TPX2 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mitotic spindle organization / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of protein binding / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / spindle microtubule / mitotic spindle / kinetochore / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / cell division / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aurora kinase A / Aurora kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NITRATE ION / Aurora kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Miles, J.A. / Hammond, K.L.R. / Bayliss, R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V003577/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Aurora A 122-403 C290A, N332A, Q335A, C393A bound to ADP
著者: Miles, J.A. / Hammond, K.L.R. / Bayliss, R.
履歴
登録2023年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aurora kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,97810
ポリマ－32,7851
非ポリマー1,1949
水2,504139
1
A: Aurora kinase A
ヘテロ分子

A: Aurora kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,95720
ポリマ－65,5692
非ポリマー2,38818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area9570 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area23620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.490, 83.490, 116.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aurora kinase A / Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / ARK-1 / Aurora-related kinase 1 / Breast tumor-amplified ...Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / ARK-1 / Aurora-related kinase 1 / Breast tumor-amplified kinase / Ipl1- and aurora-related kinase 1 / Serine/threonine-protein kinase 15 / Serine/threonine-protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase Ayk1 / Serine/threonine-protein kinase aurora-A


分子量: 32784.582 Da / 分子数: 1 / 変異: C290A C393A N332A Q335A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 7種, 148分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 1000, PEG 3350, MPD, MOPS, Hepes, Magnesium chloride, Calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→47.791 Å / Num. obs: 29889 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Num. unique obs: 2058 / CC1/2: 0.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→47.791 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.249 / WRfactor Rwork: 0.191 / SU B: 9.234 / SU ML: 0.122 / Average fsc free: 0.9471 / Average fsc work: 0.9565 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.136 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 1501 5.033 %
Rwork0.1837 28324 -
all0.186 --
obs-29825 99.983 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 61.375 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.853 Å20 Å20 Å2
2---1.853 Å2-0 Å2
3---3.706 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→47.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2151 0 74 139 2364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122276
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4511.6643083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4771.5714946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4325264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.419521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg1.41351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.00810380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.4110105
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1890.21852
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21074
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2210.230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1680.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1980.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4784.5671059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4514.5681059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2528.1821322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2558.1851323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6075.2211217
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6035.2161215
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.9629.3161761
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.9599.3121759
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.57858.3799401
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.57157.8879317
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.97-2.0210.351940.37120580.3721520.8570.861000.372
2.021-2.0760.3311040.33220270.33221310.8850.8911000.327
2.076-2.1360.3191130.29919180.30120310.9140.9191000.285
2.136-2.2020.2571000.25218970.25219980.9540.94999.950.23
2.202-2.2740.2391170.23418140.23519310.9560.9581000.208
2.274-2.3540.2491080.217490.20218570.9480.9711000.17
2.354-2.4420.243790.20917520.21118310.9530.9691000.182
2.442-2.5420.226760.17416560.17617320.9670.9811000.147
2.542-2.6550.27900.18116010.18616910.9620.9811000.154
2.655-2.7840.21670.18115500.18216170.9760.9831000.158
2.784-2.9340.253680.19814670.20115350.9590.9761000.179
2.934-3.1110.245780.18513890.18814670.9660.981000.172
3.111-3.3250.258750.1912980.19313730.9530.9761000.184
3.325-3.590.222720.18412210.18612930.9720.9791000.189
3.59-3.930.187550.15311310.15411860.9820.9871000.163
3.93-4.390.194560.14310400.14610960.9780.9881000.166
4.39-5.0620.204510.159220.1539730.9770.9871000.182
5.062-6.1830.269430.1937940.1978370.9610.9791000.236
6.183-8.6710.255280.1946430.1966720.9530.97799.85120.251
8.671-47.7910.257270.1933970.1984240.9850.9741000.24
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.203 Å / Origin y: -16.8685 Å / Origin z: -24.4766 Å
111213212223313233
T0.0908 Å20.0048 Å20.0439 Å2-0.1268 Å20.0444 Å2--0.0414 Å2
L1.8079 °20.0095 °2-0.1917 °2-1.9412 °2-0.5679 °2--1.2158 °2
S-0.0153 Å °0.0103 Å °0.0659 Å °-0.1464 Å °0.0444 Å °0.0174 Å °0.0126 Å °-0.0781 Å °-0.0291 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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