PDB-8of3: Structure of the apoform of ALDEHYDE DEHYDROGENASE 5F1 (ALDH5F1) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8of3

タイトル

Structure of the apoform of ALDEHYDE DEHYDROGENASE 5F1 (ALDH5F1) from the moss Physcomitrium patens

要素

Succinate-semialdehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NAD+ binding / Succinate-semialdehyde dehydrogenase / ALDH5

機能・相同性

機能・相同性情報

succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Physcomitrium patens (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.348 Å

データ登録者

Morera, S. / Kopecny, D. / Vigouroux, A.

資金援助

チェコ, 3件

組織	認可番号	国
Czech Science Foundation	21-07661S	チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic	CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000827	チェコ
Palacky University in Olomouc	JG_2020_001	チェコ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A study on abiotic stress responses of aldehyde dehydrogenase (ALDH) superfamilies in moss and barley focused on members linked to the GABA shunt pathway
著者: Kopecny, D.J. / Belicek, D. / Vigouroux, A. / Luptakova, E. / Koncitikova, R. / von Schwartzenberg, K. / Cavar Zeljkovic, S. / Supikova, K. / Gruz, J. / Valarik, M. / Bergougnoux, V. / ...

履歴

登録	2023年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8of3.cif.gz	583.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8of3.ent.gz	490.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8of3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8of3_validation.pdf.gz	992.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8of3_full_validation.pdf.gz	990.6 KB	表示
XML形式データ	8of3_validation.xml.gz	48.4 KB	表示
CIF形式データ	8of3_validation.cif.gz	75 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8of3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/8of3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8of1C 8ofmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase

B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase

B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase

B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
224 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	212.689, 212.689, 186.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Succinate-semialdehyde dehydrogenase 分子量: 54704.727 Da / 分子数: 2 / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physcomitrium patens (植物) / 遺伝子: PHYPA_030493 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2K1ICJ7

-
非ポリマー , 6種, 1249分子

#2: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.9 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.7M LiSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.99187 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→131.14 Å / Num. obs: 241670 / % possible obs: 68 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.34→1.5 Å / R_merge(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 12083 / CC_1/2: 0.628

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHASER	位相決定
BUSTER	精密化
autoPROC	データ削減
autoPROC	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.348→131.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU R Cruickshank DPI: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.05 / SU R_free Blow DPI: 0.051 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.049
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH FULL OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1641	12136	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1486	-	-	-
obs	0.1494	241670	68.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1105 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1105 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2211 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.348→131.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7536	0	165	1229	8930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.012	16043	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.18	29177	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4813	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2503	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		16043	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.72
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.56
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1023	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		16657	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.35→1.44 Å / Total num. of bins used: 51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	242	5.01 %
R_work	0.2436	4592	-
all	0.2446	4834	-
obs	-	-	7.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.083	0.0553	-0.0205	0.0643	-0.026	0.2978	0.0111	-0.0001	-0.0118	0.002	0.0076	-0.0156	-0.022	0.0715	-0.0188	-0.1544	-0.0049	0.0092	-0.1026	-0.0031	-0.1246	4.9093	-55.9609	13.731
2	0.0774	-0.0457	0.083	0.1028	-0.1045	0.1773	-0.0038	-0.0132	-0.0096	0.0069	0.0163	-0.0029	-0.062	-0.0515	-0.0126	-0.1231	0.0237	0.0073	-0.1134	0.0054	-0.1359	-34.633	-42.915	30.9021

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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