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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oex | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the native Z-DNA duplex d(CGCGCG) before soaking of CuCl2 | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA | 機能・相同性 | SPERMINE / DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() Lambert, M.C. / Hall, J.P. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Structural analysis of peroxide-soaked DNA crystals containing ordered copper binding sites: towards understanding oxidative damage at the atomic scale 著者: Lambert, M.C. / Hall, J.P. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 381.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 381.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.200254449754, 0.978359251498, 0.0520704365433), (0.978406403649, -0.202474560624, 0.0415326570081), (0.0511767979838, 0.0426289491788, -0.997779388462)ベクター: 3. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.200254449754, 0.978359251498, 0.0520704365433), ベクター: |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-SPM / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.44 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: oligo, 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), sodium cacodylate, pH 6.0, KCl, NaCl and spermine tetrachloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.5406 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5406 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.07→18.28 Å / Num. obs: 10952 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 4.11 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.07→1.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 480 / CC1/2: 0.868 / Rpim(I) all: 0.241 / Rrim(I) all: 0.606 / % possible all: 92.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.07→17.48 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.870690915951 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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