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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oeh | ||||||
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タイトル | Aspergillus niger ferulic acid decarboxylase (Fdc) C122-S261C (DB3) variant in complex with prenylated flavin | ||||||
![]() | Ferulic acid decarboxylase 1 | ||||||
![]() | LYASE / Decarboxylase / prFMN | ||||||
機能・相同性 | ![]() styrene metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / phenacrylate decarboxylase / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ubiquinone biosynthetic process / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Roberts, G.W. / Leys, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Aspergillus niger ferulic acid decarboxylase (Fdc) C122-S261C (DB3) variant in complex with prenylated flavin 著者: Roberts, G.W. / Leys, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 773.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 776.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 56352.008 Da / 分子数: 1 / 変異: S261C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: fdc1, An03g06590 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 256分子 ![](data/chem/img/4LU.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-4LU / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MN / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: BIS-TRIS propane, potassium thiocyanate, PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月11日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→47.82 Å / Num. obs: 53016 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.79 Å / Num. unique obs: 2614 / CC1/2: 0.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.064 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.77→47.87 Å
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拘束条件 |
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