PDB-8oeb: Crystal structure of the Z-DNA duplex d(CGCGCG) containing ordere...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oeb

タイトル

Crystal structure of the Z-DNA duplex d(CGCGCG) containing ordered copper(II) and soaked in hydrogen peroxide for 30 minutes, second collection at room temperature

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

キーワード

DNA

機能・相同性

COPPER (II) ION / SPERMINE / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lambert, M.C. / Hall, J.P.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis of peroxide-soaked DNA crystals containing ordered copper binding sites: towards understanding oxidative damage at the atomic scale
著者: Lambert, M.C. / Hall, J.P.

履歴

登録	2023年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oeb.cif.gz	31.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oeb.ent.gz	19.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oeb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oeb_validation.pdf.gz	1022 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oeb_full_validation.pdf.gz	1022 KB	表示
XML形式データ	8oeb_validation.xml.gz	3.1 KB	表示
CIF形式データ	8oeb_validation.cif.gz	3.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/8oeb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/8oeb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oe7C 8oe8C 8oe9C 8oeaC 8oecC 8oexC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (2) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

4.01 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	18.312, 30.780, 43.159
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 2 or resid 4 through 6))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 2 or resid 4 through 6))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID
d_1	1	ens_1	DC	DG	A
d_2	1	ens_1	DC	DG	C

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.223088265613, 0.973125932262, 0.0570749130893), (0.972127118702, -0.226426787544, 0.0608257755157), (0.0721144287245, 0.0419145540473, -0.996515267986)ベクター: 3. ...

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPGPCPG)-3') 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: oligo, 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), sodium cacodylate, KCl, NaCl and spermine tetrachloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.5406 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→18.31 Å / Num. obs: 2494 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 14.11 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.88 Å / Num. unique obs: 294 / CC_1/2: 0.952

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrysalisPro		データ収集
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→17.67 Å / SU ML: 0.0795 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.7843
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1818	206	4.77 %
R_work	0.1737	4116	-
obs	0.1741	2461	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→17.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	240	17	29	286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095	303
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.8261	458
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1615	50
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	13
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	29.8641	136

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.580486504008 Å

LS精密化シェル

解像度: 1.8→17.67 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1818	206	-
R_work	0.1737	4116	-
obs	-	-	99.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.03888383133	-0.243401687441	-0.276486613529	0.736878168013	0.198099276853	1.30870453428	-0.0860450451523	0.126915524554	-0.0284623898157	0.0119624304226	-0.0630133770244	-0.0449174043459	-0.0961151342052	-0.0642968001922	0.165952539986	0.121192998133	-0.00969582945978	-0.00746348916051	0.0989420902019	-0.00435734587375	0.105709649765	1.75417773439	2.38628942904	-3.20459893553
2	1.42190659882	-0.575812793961	-0.745633620769	0.979294147699	0.199614306072	4.59392399019	-0.0507471661787	-0.047648594101	0.0598038617495	0.0397622756805	-0.0386936231929	0.0348884418585	0.355147353977	0.369463135218	0.162258014498	0.12817849154	-3.40800911591E-6	-0.00128648624334	0.083386009494	-0.00615051381967	0.103330092912	5.50191574441	-3.07419627484	-2.33548316867

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 6 )	A	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 6 )	B	C	1 - 6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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