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- PDB-8oe9: Crystal structure of the Z-DNA duplex d(CGCGCG) soaked in copper(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oe9
タイトルCrystal structure of the Z-DNA duplex d(CGCGCG) soaked in copper(II) chloride and hydrogen peroxide
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA
機能・相同性SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Lambert, M.C. / Hall, J.P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis of peroxide-soaked DNA crystals containing ordered copper binding sites: towards understanding oxidative damage at the atomic scale
著者: Lambert, M.C. / Hall, J.P.
履歴
登録2023年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8233
ポリマ－3,6202
非ポリマー2021
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area2470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)18.340, 30.710, 42.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 or resid 4 through 6))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 or resid 4 through 6))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-ID
d_11ens_1DGDGA
d_21ens_1DGDGC

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.189590196429, 0.979478938684, 0.0683854231027), (0.980541769576, -0.192487633862, 0.0385531960576), (0.0509253918411, 0.0597454557689, -0.996913780114)ベクター: 3. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.189590196429, 0.979478938684, 0.0683854231027), (0.980541769576, -0.192487633862, 0.0385531960576), (0.0509253918411, 0.0597454557689, -0.996913780114)
ベクター: 3.43929096318, -3.91472723579, -5.84327745608)

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: oligo, 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), sodium cacodylate, KCl, NaCl and spermine tetrachloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→24.92 Å / Num. obs: 11394 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 9.12 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.04→1.06 Å / Num. unique obs: 327 / CC1/2: 0.357

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
xia2データ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.04→24.92 Å / SU ML: 0.1295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8342
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1779 567 5.01 %
Rwork0.1551 10760 -
obs0.1562 11327 93.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→24.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 14 94 348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3418486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.6484145
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.67171057901 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.04-1.140.35121090.35842109X-RAY DIFFRACTION74.71
1.14-1.310.27731470.24862813X-RAY DIFFRACTION99.3
1.31-1.650.15231520.16652851X-RAY DIFFRACTION99.77
1.65-24.920.14381590.1082987X-RAY DIFFRACTION99.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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