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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oe8
タイトルCrystal structure of the Z-DNA duplex d(CGCGCG) containing ordered copper(II) and soaked in hydrogen peroxide for an hour
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA
機能・相同性COPPER (II) ION / HYDROGEN PEROXIDE / SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Lambert, M.C. / Hall, J.P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis of peroxide-soaked DNA crystals containing ordered copper binding sites: towards understanding oxidative damage at the atomic scale
著者: Lambert, M.C. / Hall, J.P.
履歴
登録2023年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,02424
ポリマ－14,4828
非ポリマー1,54216
水2,702150
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9505
ポリマ－3,6202
非ポリマー3293
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0477
ポリマ－3,6202
非ポリマー4275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0136
ポリマ－3,6202
非ポリマー3934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0136
ポリマ－3,6202
非ポリマー3934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)18.346, 30.665, 42.859
Angle α, β, γ (deg.)89.980, 90.060, 89.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 2 or resid 4 or resid 6))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 2 or resid 4 or resid 6))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 2 or resid 4 or resid 6))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 1 through 2 or resid 4 or resid 6))
d_5ens_1(chain "E" and (resid 1 through 2 or resid 4 or resid 6))
d_6ens_1(chain "F" and (resid 1 through 2 or resid 4 or resid 6))
d_7ens_1(chain "G" and (resid 1 through 2 or resid 4 or resid 6))
d_8ens_1(chain "H" and (resid 1 through 2 or resid 4 or resid 6))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-ID
d_11ens_1DCDGA
d_21ens_1DCDGB
d_31ens_1DCDGC
d_41ens_1DCDGD
d_51ens_1DCDGE
d_61ens_1DCDGF
d_71ens_1DCDGG
d_81ens_1DCDGH

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.208802025793, 0.976999975809, 0.0432754121278), (0.97579200019, -0.211078960087, 0.0572332505986), (0.0650514134395, 0.0302773822916, -0.997422475048)11.8816422446, -12.0375237144, -48.6334603331
2given(-0.999996391398, -0.00266787164409, -0.000315677419302), (0.00266821817978, -0.999995832576, -0.00110247135401), (-0.000312734851677, -0.00110330967186, 0.999999342452)11.4266315989, -13.5490825403, 21.4241661224
3given(-0.209682901599, -0.976848494277, -0.0424275854351), (-0.975588619993, 0.211914686058, -0.057610852902), (0.065268103359, 0.0293118587242, -0.997437160738)-0.395970503399, -1.48805105774, -27.2032881712
4given(0.999996229089, 0.00274623412449, 2.47931434122E-6), (0.00274623021559, -0.999992263086, -0.0028163784174), (-5.25513935837E-6, 0.00281637460586, -0.999996033995)-9.1552082912, 1.7334047098, -42.8708793811
5given(0.210266870698, 0.976690134402, 0.0431766655556), (-0.975506020931, 0.212521502172, -0.0567680741452), (-0.0646207877893, -0.0301826519071, 0.997453337911)2.69254178328, 13.8672475885, 5.74246561838
6given(-0.999995962066, -0.00200129347836, 0.00201759187396), (-0.00199796915469, 0.999996645541, 0.0016483403431), (-0.00202088391881, 0.00164430260088, -0.999996606143)2.37965523499, 15.3696993536, -64.2970034309
7given(-0.207632591137, -0.977182178904, -0.0447626666976), (0.976072460469, -0.209983774429, 0.0564744755718), (-0.0645852847984, -0.0319656645246, 0.997400088871)-9.58325956477, 3.27552947709, -15.692402041

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: oligo, 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), sodium cacodylate, KCl, NaCl and spermine tetrachloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→42.86 Å / Num. obs: 21952 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 12.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Num. unique obs: 1072 / CC1/2: 0.789

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
GDAデータ収集
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→21.43 Å / SU ML: 0.173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.1081
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2089 1973 4.53 %
Rwork0.1691 41567 -
obs0.171 21922 94.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→21.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 960 37 150 1147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00791357
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94912088
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0519232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.2476616
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.670137558746
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.0242511711185
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.663404656821
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.0303386445768
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.665041445486
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.0267699882007
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.668654316454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.330.30871460.27652870X-RAY DIFFRACTION89.6
1.33-1.370.4425900.24862922X-RAY DIFFRACTION92.68
1.37-1.410.32041300.23662995X-RAY DIFFRACTION93.51
1.41-1.450.23021060.19852869X-RAY DIFFRACTION92.85
1.45-1.510.27251520.19752932X-RAY DIFFRACTION93.85
1.51-1.570.26331360.16522958X-RAY DIFFRACTION93.99
1.57-1.640.18961810.17862980X-RAY DIFFRACTION95.1
1.64-1.720.17171630.14322890X-RAY DIFFRACTION94.4
1.72-1.830.23161550.17073007X-RAY DIFFRACTION95.07
1.83-1.970.21971740.1482892X-RAY DIFFRACTION95.22
1.97-2.170.24441400.17933039X-RAY DIFFRACTION96.74
2.17-2.490.27531160.17143079X-RAY DIFFRACTION97.41
2.49-3.130.30791270.18163111X-RAY DIFFRACTION97.18
3.13-21.430.13111570.13843023X-RAY DIFFRACTION96.95

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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