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- PDB-8oe2: Structure of hyperstable haloalkane dehalogenase variant DhaA223 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oe2
タイトルStructure of hyperstable haloalkane dehalogenase variant DhaA223
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / Engineered haloalkane dehalogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / membrane
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Marek, M.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science FoundationGA22-09853S チェコ
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Advancing Enzyme's Stability and Catalytic Efficiency through Synergy of Force-Field Calculations, Evolutionary Analysis, and Machine Learning.
著者: Kunka, A. / Marques, S.M. / Havlasek, M. / Vasina, M. / Velatova, N. / Cengelova, L. / Kovar, D. / Damborsky, J. / Marek, M. / Bednar, D. / Prokop, Z.
履歴
登録2023年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
B: Haloalkane dehalogenase
C: Haloalkane dehalogenase
D: Haloalkane dehalogenase
E: Haloalkane dehalogenase
F: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,55035
ポリマ－207,8556
非ポリマー2,69529
水33,3821853
1
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4599
ポリマ－34,6431
非ポリマー8168
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9585
ポリマ－34,6431
非ポリマー3164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9625
ポリマ－34,6431
非ポリマー3204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1566
ポリマ－34,6431
非ポリマー5145
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2457
ポリマ－34,6431
非ポリマー6026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7703
ポリマ－34,6431
非ポリマー1282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.350, 143.144, 106.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Haloalkane dehalogenase


分子量: 34642.508 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: dhaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3G4, haloalkane dehalogenase

-
非ポリマー , 6種, 1882分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1853 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Ammonium sulphate, Bis-tris, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→47.72 Å / Num. obs: 296214 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.51→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 14110 / CC1/2: 0.51

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→47.72 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1945 14654 4.95 %0
Rwork0.1683 ---
obs0.1696 295797 98.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→47.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14324 0 160 1853 16337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01715185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42720766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.30312351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0932130
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.51-1.52310.33544830.31439035X-RAY DIFFRACTION95
1.5231-1.5410.31074650.29029197X-RAY DIFFRACTION97
1.541-1.55980.2914820.26919429X-RAY DIFFRACTION98
1.5598-1.57960.28815150.24749350X-RAY DIFFRACTION99
1.5796-1.60040.26785010.23639449X-RAY DIFFRACTION99
1.6004-1.62230.2525000.22169452X-RAY DIFFRACTION99
1.6223-1.64550.26175640.21829368X-RAY DIFFRACTION99
1.6455-1.670.22934680.21099445X-RAY DIFFRACTION99
1.67-1.69610.22724440.20369455X-RAY DIFFRACTION99
1.6961-1.72390.23645250.20069464X-RAY DIFFRACTION99
1.7239-1.75370.22545060.1929327X-RAY DIFFRACTION99
1.7537-1.78550.23744300.18759510X-RAY DIFFRACTION99
1.7855-1.81990.2184710.17849334X-RAY DIFFRACTION98
1.8199-1.8570.2144880.17669202X-RAY DIFFRACTION96
1.857-1.89740.20424600.16869232X-RAY DIFFRACTION97
1.8974-1.94160.19714890.17229366X-RAY DIFFRACTION98
1.9416-1.99010.18094620.15469467X-RAY DIFFRACTION99
1.9901-2.04390.18975050.15229542X-RAY DIFFRACTION99
2.0439-2.10410.19155180.15419408X-RAY DIFFRACTION99
2.1041-2.1720.17814930.15199459X-RAY DIFFRACTION99
2.172-2.24960.18244470.1549406X-RAY DIFFRACTION98
2.2496-2.33970.18065020.15449342X-RAY DIFFRACTION98
2.3397-2.44620.18865160.15739391X-RAY DIFFRACTION98
2.4462-2.57510.18894930.15539309X-RAY DIFFRACTION98
2.5751-2.73640.17564890.15879222X-RAY DIFFRACTION96
2.7364-2.94770.1944790.15559425X-RAY DIFFRACTION99
2.9477-3.24430.17335030.15769486X-RAY DIFFRACTION99
3.2443-3.71360.17074500.14949398X-RAY DIFFRACTION98
3.7136-4.67810.15194900.13779380X-RAY DIFFRACTION98
4.6781-47.720.18585160.16869293X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.1346 Å / Origin y: 23.735 Å / Origin z: -20.4705 Å
111213212223313233
T0.0916 Å20.0008 Å20.0031 Å2-0.0946 Å2-0.0057 Å2--0.1086 Å2
L0.0191 °20.0037 °20.0002 °2-0.0196 °2-0.0062 °2--0.0202 °2
S-0.0041 Å °-0.0068 Å °0.0026 Å °0.0011 Å °0.0015 Å °0.0027 Å °0.0018 Å °0.0023 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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