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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ods
タイトルPhosphate-Binding Protein (PstS) from Xanthomonas citri pv. citri A306 bound to phosphate
要素Phosphate-binding protein PstS
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SBP / Pho Regulon / ABC transporter
機能・相同性Phosphate ABC transporter, substrate-binding protein PstS / PBP domain / PBP superfamily domain / phosphate ion transmembrane transport / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / PHOSPHATE ION / Phosphate-binding protein PstS
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas citri pv. citri str. 306 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.909 Å
データ登録者Santos, L.S. / Balan, A. / Guskov, A.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2020/10171-0 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphate-Binding Protein (PstS) from Xanthomonas citri pv. citri A306
著者: Santos, L.S. / Balan, A. / Guskov, A.
履歴
登録2023年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate-binding protein PstS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2392
ポリマ－36,1441
非ポリマー951
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.37, 73.137, 99.165
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphate-binding protein PstS


分子量: 36144.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas citri pv. citri str. 306 (バクテリア)
株: A306 / 遺伝子: pstS / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PM56
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris-HCl (pH 8.0), 50 mM KCl, 20% PEG 6000, 20 mg/ml protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.909→41.04 Å / Num. obs: 24939 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 18.53 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09772 / Rpim(I) all: 0.03365 / Rrim(I) all: 0.1001 / Net I/σ(I): 14.73
反射 シェル解像度: 1.909→1.977 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / Num. unique obs: 2201 / CC1/2: 0.921 / CC star: 0.979 / Rpim(I) all: 0.2064 / Rrim(I) all: 0.4674 / % possible all: 87.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSJan 10, 2022データ削減
XSCALEJan 10, 2022データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.909→41.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU R Cruickshank DPI: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.189 / SU Rfree Blow DPI: 0.165 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.157
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2502 1237 -RANDOM
Rwork0.2048 ---
obs0.2071 24728 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.093 Å20 Å20 Å2
2---4.7649 Å20 Å2
3---1.6719 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.909→41.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2334 0 5 301 2640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082408HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.983282HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d783SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes413HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2408HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion311SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2604SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.97
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.93 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.649 25 -
Rwork0.3979 --
obs0.41 495 70.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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