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- PDB-8odn: RcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa Tight... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8odn
タイトルRcpA-TadD with C13 symmetry from the Pseudomonas aeruginosa Tight Adherence Secretion System
要素
  • RcpA
  • TPR repeat-containing protein PA4299
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Secretin / Pilotin / RcpA / TadD / TAD
機能・相同性
機能・相同性情報


type II protein secretion system complex / protein secretion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised conserved protein UCP029658, TPR / Pilus formation protein, N-terminal / Pilus formation protein N terminal region / GspD/PilQ family / : / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat ...Uncharacterised conserved protein UCP029658, TPR / Pilus formation protein, N-terminal / Pilus formation protein N terminal region / GspD/PilQ family / : / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RcpA / TPR repeat-containing protein PA4299
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tassinari, M. / Low, H.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust215553/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Assembly mechanism of a Tad secretion system secretin-pilotin complex.
著者: Matteo Tassinari / Marta Rudzite / Alain Filloux / Harry H Low /
要旨: The bacterial Tight adherence Secretion System (TadSS) assembles surface pili that drive cell adherence, biofilm formation and bacterial predation. The structure and mechanism of the TadSS is mostly ...The bacterial Tight adherence Secretion System (TadSS) assembles surface pili that drive cell adherence, biofilm formation and bacterial predation. The structure and mechanism of the TadSS is mostly unknown. This includes characterisation of the outer membrane secretin through which the pilus is channelled and recruitment of its pilotin. Here we investigate RcpA and TadD lipoprotein from Pseudomonas aeruginosa. Light microscopy reveals RcpA colocalising with TadD in P. aeruginosa and when heterologously expressed in Escherichia coli. We use cryogenic electron microscopy to determine how RcpA and TadD assemble a secretin channel with C13 and C14 symmetries. Despite low sequence homology, we show that TadD shares a similar fold to the type 4 pilus system pilotin PilF. We establish that the C-terminal four residues of RcpA bind TadD - an interaction essential for secretin formation. The binding mechanism between RcpA and TadD appears distinct from known secretin-pilotin pairings in other secretion systems.
履歴
登録2023年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RcpA
B: TPR repeat-containing protein PA4299
C: RcpA
D: TPR repeat-containing protein PA4299
E: RcpA
F: TPR repeat-containing protein PA4299
G: RcpA
H: TPR repeat-containing protein PA4299
I: RcpA
J: TPR repeat-containing protein PA4299
K: RcpA
L: TPR repeat-containing protein PA4299
M: RcpA
N: TPR repeat-containing protein PA4299
O: RcpA
P: TPR repeat-containing protein PA4299
Q: RcpA
R: TPR repeat-containing protein PA4299
S: RcpA
T: TPR repeat-containing protein PA4299
V: RcpA
W: TPR repeat-containing protein PA4299
X: RcpA
Y: TPR repeat-containing protein PA4299
Z: RcpA
a: TPR repeat-containing protein PA4299


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)952,47226
ポリマ－952,47226
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, 2D class averages end views
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
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NCSドメイン領域:

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15given(0.885451964362, 0.464730910105, 9.30397583042E-7), (-0.464730910106, 0.88545196436, 1.96903523571E-6), (9.12491695814E-8, -2.17587063289E-6, 0.999999999998)-69.3382742773, 114.695665399, 0.000366723707828
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17given(-0.748517274301, 0.663115291664, 5.90204572642E-6), (-0.663115291682, -0.748517274307, -1.62139201853E-6), (3.34261333871E-6, -5.12737670768E-6, 0.999999999981)214.90467535, 477.508589056, 0.000477998472775
18given(0.885457794802, -0.46471980117, 5.04670326517E-6), (0.464719801188, 0.8854577948, -3.35786838779E-6), (-2.90817481466E-6, 5.31855367594E-6, 0.999999999982)114.700242335, -69.3325408737, -0.000564844820815
19given(0.56807704478, -0.822975377007, 5.85032843325E-6), (0.82297537702, 0.568077044791, 2.96098820132E-7), (-3.56711932554E-6, 4.64646930534E-6, 0.999999999983)248.481959737, -77.427386564, -0.000366728204028
20given(0.120556048262, -0.992706522205, 5.0163729241E-9), (0.992706522205, 0.120556048262, 3.9154601764E-7), (-3.89295039551E-7, -4.22234544797E-8, 1)370.698208675, -22.425747755, 5.54031167326E-5
21given(-0.354595282619, -0.935019885106, -9.00419533828E-7), (0.935019885106, -0.354595282618, -1.23878360386E-6), (8.39002783879E-7, -1.28117699118E-6, 0.999999999999)453.353670485, 83.0807125222, 0.000118969490217
22given(-0.74848075641, -0.663156510398, -3.71068032279E-7), (0.663156510397, -0.748480756408, -2.30512308377E-6), (1.25092009879E-6, -1.97141645076E-6, 0.999999999997)477.518545641, 214.895050618, 0.000188016175969
23given(-0.970943987082, -0.239306861403, 5.8393191246E-6), (0.239306861306, -0.970943987025, -1.38524270364E-5), (8.98463262925E-6, -1.20525416056E-5, 0.999999999887)437.616553579, 342.870821952, 0.00098440265748
24given(-0.970934465907, 0.239345488361, 1.07636474226E-5), (-0.239345488457, -0.970934465903, -8.79683726712E-6), (8.3453129497E-6, -1.11173829436E-5, 0.999999999903)342.835040503, 437.645677364, 0.00090088451455

-
要素

#1: タンパク質
RcpA


分子量: 45507.402 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: rcpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HW96
#2: タンパク質
TPR repeat-containing protein PA4299


分子量: 27759.648 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA4299 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HWA1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: RcpA-TadD with C13 symmetry / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.9 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Hepes pH 8, 100 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.06% bDDM
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMhepesC8H18N2O4S1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMEDTAC10H16N2O81
40.06 %bDDMC24H46O111
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: The grid was coated with graphene oxide prior to use
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C13 (13回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119534 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 93.84 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002743225
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.612158292
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.07976539
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00447722
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.943316276
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2OOELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.32744969378E-11
ens_1d_3OOELECTRON MICROSCOPYNCS constraints7.58815530537E-10
ens_1d_4OOELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.8008295884E-10
ens_1d_5OOELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.69938496084E-12
ens_1d_6OOELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.23017146914E-12
ens_1d_7OOELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.0695439632E-12
ens_1d_8OOELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.35791778316E-10
ens_1d_9OOELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.97469138198E-12
ens_1d_10OOELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.10950589971E-12
ens_1d_11OOELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.28167453566E-10
ens_1d_12OOELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.37176678006E-13
ens_1d_13OOELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.86019635488E-11
ens_2d_2VWELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.12004130966E-13
ens_2d_3VWELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.13728542701E-11
ens_2d_4VWELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.00349205616E-10
ens_2d_5VWELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.1200794907E-10
ens_2d_6VWELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.51827909536E-13
ens_2d_7VWELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.93781992476E-11
ens_2d_8VWELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.25653890797E-12
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ens_2d_13VWELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.04397196385E-12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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