+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8nse | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE, NNA COMPLEX | |||||||||
![]() | PROTEIN (NITRIC OXIDE SYNTHASE) | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE / HEME PROTEIN / TETRAHYDROBIOPTERIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / mitochondrion organization / response to hormone / caveola / blood coagulation / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to lipopolysaccharide / cytoskeleton / calmodulin binding / heme binding / Golgi apparatus / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of nitric oxide synthase bound to nitro indazole reveals a novel inactivation mechanism. 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Southan, G. / Masters, B.S. / Poulos, T.L. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Constitutive Endothelial Nitric Oxide: A Paradigm for Pterin Function Involving a Novel Metal Center 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Kral, V. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. #2: ![]() タイトル: Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Dimer with Pterin and Substrate 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Ghosh, D.K. / Wu, C. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. #3: ![]() タイトル: The Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain and Inhibitor Complex 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Gachhui, R. / Wu, C. / Ghosh, D.K. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 146.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 593.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 614.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.324087, -0.930014, 0.173325), ベクター: |
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49710.105 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 7種, 205分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/NRG.gif)
![](data/chem/img/CAD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/NRG.gif)
![](data/chem/img/CAD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Raman, C.S., (1998) Cell (Cambridge,Mass.), 95, 939. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月15日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: YES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→100 Å / Num. obs: 44385 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.216 / % possible all: 69.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 153298 / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 69.1 % / Rmerge(I) obs: 0.216 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.25→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2754114.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.56 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.5 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 49.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.343 / % reflection Rfree: 4.3 % / Rfactor Rwork: 0.334 |