[日本語] English
万見
- PDB-8kib: NADP+-dependent cytosolic isocitrate dehydrogenase complexed with... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kib
タイトルNADP+-dependent cytosolic isocitrate dehydrogenase complexed with oxaloacetate
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
キーワードOXIDOREDUCTASE / isocitrate dehydrogenase allosteric inhibition inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / Peroxisomal protein import / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration / 2-oxoglutarate metabolic process ...NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / Peroxisomal protein import / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration / 2-oxoglutarate metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / Neutrophil degranulation / glutathione metabolic process / NAD binding / NADP binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / OXALOACETATE ION / Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kang, B.S. / Cho, H.Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2015R1A4A1042271 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NADP+-dependent cytosolic isocitrate dehydrogenase complexed with oxaloacetate
著者: Kang, B.S. / Cho, H.Y.
履歴
登録2023年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,57422
ポリマ－186,9464
非ポリマー3,62818
水31,3821742
1
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,72412
ポリマ－93,4732
非ポリマー2,25110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12720 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area30290 Å2
手法PISA
2
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,85010
ポリマ－93,4732
非ポリマー1,3778
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10650 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area31000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.512, 93.421, 111.108
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 46736.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Idh1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O88844, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1742 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 4000, sodium citrate, magnesium chloride, oxaloacetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.55 Å / Num. obs: 202031 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 18.38 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.77 Å / Num. unique obs: 20124 / CC1/2: 0.83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→29.55 Å / SU ML: 0.1575 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 20.3213
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2034 1886 0.99 %
Rwork0.1748 188182 -
obs0.1751 190068 93.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12998 0 239 1742 14979
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005613512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.874718227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05231960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.85261869
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.25571270.231612798X-RAY DIFFRACTION83.58
1.74-1.80.24821430.216813400X-RAY DIFFRACTION87.3
1.8-1.850.23021280.209713613X-RAY DIFFRACTION88.55
1.85-1.920.25231450.200313898X-RAY DIFFRACTION90.5
1.92-20.23011440.196814199X-RAY DIFFRACTION92.38
2-2.090.19851380.185914623X-RAY DIFFRACTION95.01
2.09-2.20.19221550.172714703X-RAY DIFFRACTION95.78
2.2-2.340.21191390.167214879X-RAY DIFFRACTION96.6
2.34-2.520.22551540.175614945X-RAY DIFFRACTION96.88
2.52-2.770.19871490.171915044X-RAY DIFFRACTION97.86
2.77-3.170.20111550.17215255X-RAY DIFFRACTION98.61
3.17-3.990.2021520.157415397X-RAY DIFFRACTION99.35
3.99-29.550.16911570.16715428X-RAY DIFFRACTION98.33

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る