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- PDB-8khv: The crystal structure of glycosaminoglycan lyase GAGase II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8khv
タイトルThe crystal structure of glycosaminoglycan lyase GAGase II
要素Heparinase II/III-like protein
キーワードLYASE / Glycosaminoglycan / PL_35
機能・相同性Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like protein / Chondroitin AC/alginate lyase / lyase activity / : / Heparinase II/III-like protein
機能・相同性情報
生物種Spirosoma fluviale (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wei, L. / Cao, H.Y. / Li, F.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31570071 中国
National Science Foundation (NSF, China)31971201 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of glycosaminoglycan lyase GAGase VII
著者: Wei, L. / Cao, H.Y. / Li, F.C.
履歴
登録2023年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heparinase II/III-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6315
ポリマ－68,4551
非ポリマー1754
水11,602644
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.917, 82.096, 79.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heparinase II/III-like protein


分子量: 68455.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spirosoma fluviale (バクテリア) / 遺伝子: SAMN06269250_2316 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A286FIB6
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.0), 12% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000 and 0.2 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.01 Å / Num. obs: 86421 / % possible obs: 98.55 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique obs: 4092 / CC1/2: 0.964 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.23 / % possible all: 92.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→44.01 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1924 3905 4.52 %
Rwork0.1587 82516 -
obs0.1602 86421 98.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 48.81 Å2 / Biso mean: 13.383 Å2 / Biso min: 1.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→44.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4529 0 4 644 5177
Biso mean--21.7 25.47 -
残基数----579
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.920.26021180.17732618273687
1.92-1.950.21341230.16932748287190
1.95-1.970.21971320.16512838297095
1.97-20.19561410.16462981312297
2-2.030.26691380.16212882302099
2.03-2.060.23011390.15683034317399
2.06-2.090.19951410.1632997313899
2.09-2.130.18911380.15412953309199
2.13-2.160.1991450.15743021316699
2.16-2.20.17961430.14852949309299
2.2-2.240.21051380.15572937307599
2.24-2.290.22041450.16393016316198
2.29-2.340.21981350.16042928306398
2.34-2.390.20121420.15362979312199
2.39-2.450.21381400.15542928306899
2.45-2.520.16621480.15393019316799
2.52-2.590.15581400.15012956309699
2.59-2.680.19211430.15442989313299
2.68-2.770.19151370.15952957309498
2.77-2.880.22391370.16032942307998
2.88-3.020.23641400.15793020316099
3.02-3.170.19711380.16112953309199
3.18-3.370.17311410.158530003141100
3.37-3.630.18941440.15332994313899
3.63-40.14921440.15112960310499
4-4.580.15371480.14243005315399
4.58-5.760.18171380.16162971310999
5.77-44.010.1921490.19662941309099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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