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- PDB-8khh: Crystal structure of 2'-dG-III riboswitch with guanosine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8khh
タイトルCrystal structure of 2'-dG-III riboswitch with guanosine
要素RNA (71-MER)
キーワードRNA / Riboswitch / 2'-Deoxyguanosine / 2'-dG / Guanosine / Aptamer
機能・相同性GUANOSINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liao, W. / Huang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171191 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 2'-dG-III riboswitch with guanosine
著者: Liao, W. / Huang, L.
履歴
登録2023年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (71-MER)
B: RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,21013
ポリマ－45,4372
非ポリマー77311
水19811
1
A: RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1408
ポリマ－22,7181
非ポリマー4217
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
2
B: RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0715
ポリマ－22,7181
非ポリマー3524
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.727, 58.621, 57.182
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.675, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 1 through 2 and (name P...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 1 through 2 and (name P...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GGCCAA1 - 61 - 6
d_12GMPGMPGMPGMPAC101
d_21GGCCBB1 - 61 - 6
d_22GMPGMPGMPGMPBJ101

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要素

#1: RNA鎖 RNA (71-MER)


分子量: 22718.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus sp. (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン


分子量: 283.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.08 M Sodium chloride, 0.01 M Potassium chloride, 0.01 M Magnesium chloride hexahydrate 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.4, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.012 M Spermine ...詳細: 0.08 M Sodium chloride, 0.01 M Potassium chloride, 0.01 M Magnesium chloride hexahydrate 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.4, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride, 0.1M Glycine.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→68.89 Å / Num. obs: 20324 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 55.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.902 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2853 / CC1/2: 0.33 / Rpim(I) all: 1.149 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→31.1 Å / SU ML: 0.4479 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.1021
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 1007 4.97 %
Rwork0.2381 19270 -
obs0.2388 20277 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3010 49 11 3070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00523408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75395298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0324718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059144
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.74971698
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.58653069921 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.420.44031360.4152612X-RAY DIFFRACTION94.47
2.42-2.570.35941380.36352747X-RAY DIFFRACTION99.97
2.57-2.770.36461230.3522782X-RAY DIFFRACTION99.86
2.77-3.050.35661600.34122750X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.490.28221500.25712754X-RAY DIFFRACTION99.79
3.49-4.40.22821480.20362781X-RAY DIFFRACTION99.86
4.4-31.10.17721520.16912844X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.80455723601-0.384001675443.946759909722.201949527340.9392393238996.85513189929-0.7488140013810.3615714566260.5961048566760.94384085-0.06737671230051.14384791306-0.3248184579960.8804750121770.5260124200720.440902028749-0.0660142188365-0.2210738575280.7395212806090.04026023513330.9051601130948.2990014403832.244695544616.0725241264
21.77068716971-1.05300323914-0.09055985961314.093846212750.4027027871210.6269114783820.02978205425690.152057931706-0.11044452908-0.3484249443410.0274153293484-0.07731888797050.18490723366-0.0846828945733-0.11883113270.623910739381-0.007963942414030.1007627687660.4310656459070.006348425065050.2639912899130.521158974717.411172263423.8490735673
30.9557677793021.635759531810.04603463179043.97400626218-0.8789246966292.44412105246-0.5584770729840.1671594634380.331833595328-0.4148651698610.3408577535570.139779288055-0.0994023959545-0.1022382183280.1118976448020.4997986537530.04640578241650.02110498534260.39693037288-0.005529753592340.18932368667527.289244160229.613669885518.0556706761
43.975877015183.48738094578-0.3695507291978.3603802567-3.384975287682.02212410704-0.0652377561512-0.180873920433-0.03741148343960.159134307172-0.3644964783230.739450886768-0.1336181547360.2729051737240.4379218166770.647246537038-0.1998046633960.3142424481150.652539856315-0.003326949712310.661814277873.4947273236512.179940685147.064024831
54.548275198911.513763790211.774290464112.455633557011.373778778012.635231727420.08204903020270.0631687546487-0.2538865576660.2350748342990.148574063243-0.02123854207830.0612012690543-0.00644548622249-0.1827498413410.5260161492110.004629122474440.01881219590050.411909670969-0.02152176018080.28394615220422.800708685930.318588362949.9221987713
61.06964824577-1.79432677576-0.7774357857713.259801644810.7478086830561.89365339256-0.403268734581-0.105570437363-0.01173841488030.2820165575810.389262861344-0.06141322889920.3235519399190.102935012538-0.05321630639530.482470697343-0.05212411287780.06278855466080.427162666124-0.00343658689190.26113396491522.203505569217.322440363546.5174606967
71.87017357371-2.771987575172.203971258644.29192767412-3.488022275822.95644064942-0.0483655542356-0.0931196044024-0.3111038503410.427867903215-0.02788200055-0.4581278334130.630333565423-0.1872965957880.1213022713292.64180860328-0.135875362950.2374958638311.2956092159-0.2615168812762.32623989527-5.007608502-0.72830060258654.8816546712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )AA1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 40 )AA11 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 71 )AA41 - 71
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 10 )BC1 - 10
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 11 through 40 )BC11 - 40
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 41 through 70 )BC41 - 70
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 71 through 71 )BC71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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