PDB-8kh2: Crystal structure of horse-spleen L-ferritin fused with amyloid b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8kh2

タイトル

Crystal structure of horse-spleen L-ferritin fused with amyloid beta peptide (1-42).

要素

Ferritin light chain,Amyloid-beta precursor protein (Fragment)

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Ferritin cage / Amyloid beta fusion

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / Golgi-associated vesicle / autolysosome / clathrin-coated pit / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / recycling endosome / cognition / iron ion transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Maity, B. / Tian, J. / Abe, S. / Ueno, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biomater Sci / 年: 2024
タイトル: Fusion of amyloid beta with ferritin yields an isolated oligomeric beta-sheet-rich aggregate inside the ferritin cage.
著者: Maity, B. / Kameyama, S. / Tian, J. / Pham, T.T. / Abe, S. / Chatani, E. / Murata, K. / Ueno, T.

履歴

登録	2023年8月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8kh2.cif.gz	58.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8kh2.ent.gz	40.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8kh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8kh2_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8kh2_full_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示
XML形式データ	8kh2_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	8kh2_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/8kh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/8kh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (10) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (4) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (4) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (10)
#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (4)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (4)
#114 - 2009年6月
ヴォールト (Vaults)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain,Amyloid-beta precursor protein (Fragment)

ヘテロ分子

25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain,Amyloid-beta precursor protein (Fragment)

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Transmission emission microscopy (TEM), Atomic force microscopy (AFM), Size exclusion chromatography (SEC),
621 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.935, 181.935, 181.935
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- CD
2	1	A-304- CD
3	1	A-305- CD
4	1	A-311- SO4

#1: タンパク質	Ferritin light chain,Amyloid-beta precursor protein (Fragment) 分子量: 24545.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL, APP / プラスミド: PMK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791, UniProt: Q28280
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Ammonium sulfate (0.5-1.0M), Cadmium sulfate (12-20 mM)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93.1 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→21.691 Å / Num. obs: 17564 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 1264 / CC_1/2: 0.977

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
CrysalisPro	v42	データ収集
CrysalisPro	v42	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定
Coot	0.9.8.6 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→21.691 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.171 / SU B: 3.785 / SU ML: 0.104 / Average fsc free: 0.9562 / Average fsc work: 0.9656 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.164 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2581	913	5.201 %
R_work	0.2152	16641	-
all	0.217	-	-
obs	-	17554	97.414 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.437 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→21.691 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1370	0	25	165	1560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.938	1.647	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.653	1.576	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.058	5	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.106	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.958	10	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.112	10	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	348
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	698
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	815
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.066	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.139	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.301	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.15	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.178	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.954	1.213	695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.954	1.213	695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.031	2.162	870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.031	2.162	871
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.553	1.585	749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.554	1.569	738
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.662	2.721	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.669	2.691	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.897	14.414	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.722	13.307	1686

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.269	56	0.196	1199	0.199	1276	0.953	0.976	98.3542	0.158
2.052-2.107	0.201	73	0.189	1163	0.19	1262	0.974	0.978	97.9398	0.157
2.107-2.168	0.224	75	0.207	1122	0.208	1220	0.965	0.967	98.1148	0.174
2.168-2.234	0.537	51	0.5	942	0.502	1191	0.884	0.885	83.3753	0.348
2.234-2.306	0.59	49	0.554	984	0.556	1154	0.817	0.835	89.5147	0.506
2.306-2.386	0.284	45	0.218	1073	0.22	1121	0.955	0.97	99.7324	0.164
2.386-2.475	0.184	53	0.17	1025	0.17	1079	0.979	0.982	99.9073	0.137
2.475-2.575	0.286	45	0.155	1016	0.16	1061	0.949	0.985	100	0.123
2.575-2.687	0.166	56	0.139	941	0.141	998	0.983	0.989	99.8998	0.11
2.687-2.816	0.216	59	0.152	898	0.157	959	0.978	0.985	99.7915	0.117
2.816-2.966	0.257	46	0.16	888	0.165	935	0.967	0.983	99.893	0.13
2.966-3.142	0.212	50	0.166	823	0.169	873	0.975	0.983	100	0.138
3.142-3.354	0.212	49	0.195	774	0.196	823	0.974	0.978	100	0.171
3.354-3.616	0.265	37	0.207	729	0.21	788	0.956	0.974	97.2081	0.163
3.616-3.95	0.268	49	0.209	674	0.213	729	0.963	0.975	99.177	0.185
3.95-4.398	0.18	34	0.15	622	0.151	664	0.98	0.987	98.7952	0.127
4.398-5.044	0.175	28	0.132	570	0.133	599	0.984	0.99	99.8331	0.116
5.044-6.096	0.306	21	0.194	509	0.197	531	0.965	0.982	99.8117	0.164
6.096-8.299	0.259	23	0.194	405	0.197	428	0.969	0.978	100	0.168
8.299-21.691	0.193	14	0.213	284	0.212	300	0.982	0.975	99.3333	0.199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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