PDB-8kgz: Crystal structure of single-chain Fv antibody against antigen pep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8kgz

タイトル

Crystal structure of single-chain Fv antibody against antigen peptide from SARS-CoV2 S-spike protein

要素

Thioredoxin 1,scFv

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ScFv / antibody / S-spike protein / antigen

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Ovis aries (ヒツジ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Ma, Q.Q. / Zhang, B.L. / Cheng, X.Y. / Huang, Y.Q. / Su, Z.D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of sheep scFv antibody against an antigen peptide of SARS-CoV2 S-spike protein
著者: Ma, Q.Q. / Zheng, B.L. / Cheng, X.Y. / Huang, Y.Q. / Su, Z.D.

履歴

登録	2023年8月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8kgz.cif.gz	106 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8kgz.ent.gz	76.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8kgz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8kgz_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8kgz_full_validation.pdf.gz	458 KB	表示
XML形式データ	8kgz_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	8kgz_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kgz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (5) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin 1,scFv

B: Thioredoxin 1,scFv

86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.210, 77.753, 61.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Thioredoxin 1,scFv / Trx-1 分子量: 43198.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) 遺伝子: trxA, fipA, tsnC, b3781, JW5856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA25
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 20.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→77.75 Å / Num. obs: 179188 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.882 / Net I/σ(I): 4.1
反射シェル	解像度: 2.21→2.27 Å / 冗長度: 6.4 % / Num. unique obs: 26361 / CC_1/2: 0.882

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.21→55.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.836 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.761 / SU B: 11.927 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.363 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.32114	1227	4.7 %	RANDOM
R_work	0.26886	-	-	-
obs	0.27129	25094	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.916 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.75 Å²	0 Å²	0.1 Å²
2-	-	1.23 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.21→55.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3379	0	0	104	3483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.011	3774
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.93	1.644	5138
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.667	1.564	7940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.821	5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.03	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.304	10	562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	866
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.84	2.718	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.717	2.715	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.001	4.837	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.017	4.847	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.804	2.918	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.803	2.926	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.686	5.338	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	38.454	61.07	4159
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	38.453	61.1	4160
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.419	88	-
R_work	0.406	1852	-
obs	-	-	99.9 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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