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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kgg | ||||||
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タイトル | LPS-bound P2Y10 in complex with G13 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / GPCR-G-protein complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D5 dopamine receptor binding / P2Y receptors / regulation of fibroblast migration / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of urine volume / negative regulation of adenylate cyclase activity / positive regulation of neural precursor cell proliferation ...D5 dopamine receptor binding / P2Y receptors / regulation of fibroblast migration / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of urine volume / negative regulation of adenylate cyclase activity / positive regulation of neural precursor cell proliferation / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / negative regulation of synaptic transmission / regulation of small GTPase mediated signal transduction / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / NRAGE signals death through JNK / neuronal dense core vesicle / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of calcium ion transport / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / negative regulation of apoptotic signaling pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / RAC1 GTPase cycle / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / response to nutrient / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of superoxide anion generation / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / brush border membrane / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / platelet activation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / regulation of blood pressure / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / melanosome / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell shape / midbody / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell body / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell cycle / in utero embryonic development / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell differentiation / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | ||||||
データ登録者 | He, Y. / Yin, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: LPS-bound P2Y10 in complex with G13 著者: He, Y. / Yin, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8kgg.cif.gz | 212.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8kgg.ent.gz | 166.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8kgg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8kgg_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8kgg_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8kgg_validation.xml.gz | 43.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8kgg_validation.cif.gz | 65.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kgg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 37220MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG
#1: タンパク質 | 分子量: 26574.400 Da / 分子数: 1 変異: C3S,M18E,N22C,R24S,E25R,D26E,G27K,E28T,K29Y,A30V,A31K,E33L,L36I,G42D,E43N,I49F,V50L,K54R,S111D,E114D,I134D,I218A,V221I 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI2, GNAI2B, GNA13 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P04899, UniProt: Q14344 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 37915.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P62873 |
#4: タンパク質 | 分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P59768 |
-抗体 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 3分子 ER
#3: 抗体 | 分子量: 26277.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
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#5: タンパク質 | 分子量: 38812.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P2RY10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O00398 |
#6: 化合物 | ChemComp-WJS / ( |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: GPCR/G-protein complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238361 / 対称性のタイプ: POINT |