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- PDB-8kgb: SlNDPS1-AtcPT4 Chimera complexed with GSPP, Mg2+, and IPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kgb
タイトルSlNDPS1-AtcPT4 Chimera complexed with GSPP, Mg2+, and IPP
要素Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2
キーワードTRANSFERASE / cis-prenyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylallylcistransferase / dimethylallylcistransferase activity / plastid membrane organization / polyprenyltransferase activity / polyprenol biosynthetic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / prenyltransferase activity / chloroplast stroma / protein glycosylation / response to cold ...dimethylallylcistransferase / dimethylallylcistransferase activity / plastid membrane organization / polyprenyltransferase activity / polyprenol biosynthetic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / prenyltransferase activity / chloroplast stroma / protein glycosylation / response to cold / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic / Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Suenaga-Hiromori, M. / Ishii, T. / Imaizumi, R. / Takeshita, K. / Yanai, T. / Matsuura, H. / Sakai, N. / Yamaguchi, H. / Yanbe, F. / Waki, T. ...Suenaga-Hiromori, M. / Ishii, T. / Imaizumi, R. / Takeshita, K. / Yanai, T. / Matsuura, H. / Sakai, N. / Yamaguchi, H. / Yanbe, F. / Waki, T. / Tozawa, Y. / Miyagi-Inoue, Y. / Yamamoto, M. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / Yamashita, S. / Takahashi, S.
資金援助 日本, 6件
組織認可番号
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H05470 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101070 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K19143 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22KJ1466 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02909 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02115 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A versatile system for enzymatic synthesis of natural and unnatural polyisoprenoids on rubber particles
著者: Suenaga-Hiromori, M. / Ishii, T. / Imaizumi, R. / Takeshita, K. / Yanai, T. / Matsuura, H. / Sakai, N. / Mikami, T. / Takahashi, T. / Minakawa, C. / Yamaguchi, H. / Yanbe, F. / Waki, T. / ...著者: Suenaga-Hiromori, M. / Ishii, T. / Imaizumi, R. / Takeshita, K. / Yanai, T. / Matsuura, H. / Sakai, N. / Mikami, T. / Takahashi, T. / Minakawa, C. / Yamaguchi, H. / Yanbe, F. / Waki, T. / Tozawa, Y. / Miyagi-Inoue, Y. / Fushihara, K. / Yamamoto, M. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / Yamashita, S. / Takahashi, S.
履歴
登録2023年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2
B: Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2
C: Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2
D: Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,93316
ポリマ-121,6154
非ポリマー2,31912
3,531196
1
A: Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2
B: Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9258
ポリマ-60,8072
非ポリマー1,1176
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
2
C: Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2
D: Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0098
ポリマ-60,8072
非ポリマー1,2016
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.540, 126.710, 72.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2 / Cis-prenyltransferase 1 / SlCPT1 / Neryl-diphosphate synthase 1


分子量: 30403.678 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト), (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CPT1, NDPS1, At5g58770, CPT1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: C1K5M2, UniProt: Q56Y11, dimethylallylcistransferase
#2: 化合物 ChemComp-GST / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-[(2E)-3,7-DIMETHYLOCTA-2,6-DIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / (2E)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエン-1-チオ-ル二りん酸


分子量: 330.275 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C10H20O6P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C5H12O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG3350, malonate acid

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. obs: 275956 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 11.17
反射 シェル解像度: 2.32→2.46 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 44464 / CC1/2: 0.547 / Rrim(I) all: 1.39 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIX1.19.2精密化
DIALSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→47.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 9.677 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23518 2334 5 %RANDOM
Rwork0.18819 ---
obs0.1905 44269 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.356 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å2-0 Å20.54 Å2
2--1.23 Å2-0 Å2
3----1.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.32→47.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7853 0 131 196 8180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0138143
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0177681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3471.64610967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4451.57917860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2235967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.73423.201428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.352151539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7431541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028855
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2535.3923892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2525.3913891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.4348.0614851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.4348.0624852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9515.914251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9515.9114252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.8788.6226117
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.80162.4818930
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.80462.4828925
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 191 -
Rwork0.319 3273 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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